【明太宗朱棣还完善了明朝的文官制度，为后来明朝的内阁制度奠定了基础。
由于朱元璋废除了丞相制度，皇帝直接领导六部，故而导致皇帝的政务压力达到极点，朱棣登基后设立内阁制度，内阁品级不高，一般要经过翰林院庶吉士锻炼。
永乐时期内阁文臣只是正五品，从职权来看，也只是顾问，供皇帝咨询国家大政方针的制定和决策，充当皇帝智囊团的角色。
内阁的出现弥补了中书省废除后，中央机构在结构上的脱节。
正统后，内阁中枢决策的权位愈发巩固，权力也开始超过六部，内阁首辅开始出现，其地位与作用也日益显著。
而明朝三大才子的解缙也被任命为内阁第一任首辅，以下便是朱棣时期的内阁阁臣名单：解缙、黄淮、胡广、胡俨、杨荣、金幼孜、杨士奇，杨溥。
此外，朱棣还启用了朱元璋后来废除的锦衣卫制度，锦衣卫的职权在明宪宗成化年间基本发展成熟，缉捕谳狱及城市管理是锦衣卫堂官的首要职掌，侍卫皇帝则居次要地位。
为了遏制锦衣卫的权力，又增设了东厂即东缉事厂，中国明代的特权监察机构、特务机关和秘密警察机关。
东厂权力在锦衣卫之上，只对皇帝负责，不经司法机关批准，可随意监督缉拿臣民，从而开明朝宦官干政之端。
厂卫制度是明朝时期的反贪局和国家安全局、情报局；和勋贵系统一样，是明朝皇帝用于压制明朝文官势力的重要组成部分。
然而在土木堡之战之后，明朝勋贵凋零，厂卫系统也遭受严重损失，再也无力压制日益庞大的文官利益集团，尽管后面几位明朝皇帝努力恢复厂卫，但由于勋贵系统缺失，无法像以往那样严密监视文官集团，导致文官利益集团不断败坏国事。
到天启皇帝病逝时，新上任的崇祯皇帝在文官的怂恿下，扳倒了了著名大太监魏忠贤的同时，也差不多完全摧毁了厂卫系统，导致皇帝对文官集团再无任何监控和压制力量，厂卫沦为“大汉将军”，几乎彻底失去反贪、监视、情报收集等一切职能，直至南明灭亡也无力恢复。
厂卫是明代特务政治的工具，是国内外情报系统的主要组成部分，是皇帝整顿吏治和防治腐败的机构。