方法论、战略思想、作战指导思想、军队建设思想、国防思想等等。
在这些思想中，打仗是最简单、最直观的输出，但是军队的建设，包括整个国家的军事思想，他不是一天两天形成的，而是一个长期的过程，诸葛亮的军事思想主要在他撰写的兵书中显示出来，诸葛亮撰写并流传下来的兵书和军事著作有《便宜十六策》、《将苑》、《南征》、《北伐》、《北出》等等。
内行看门道，外行看热闹，对于诸葛亮来说，外行看的是他的输赢，而内行看的是他的军事思想，军事思想对于推动战争思想有着进步作用，华夏几千年的军事思想就是一代又一代的军事家积累、实践、撰写而流传下来的。
举个例子，在《便宜十六策》的治军一篇中，诸葛亮提出了：
“故国以军为辅，君以臣为佐；辅强则国安，辅弱则国危，在於所任之将也。非民之将，非国之辅，非军之主。故治国以文为政，治军以武为计；治国不可以不从外，治军不可以不从内。”
强调了军队在国家政权中的作用，此外还有”夫国三大务，莫先于戒备“的军事思想，有相当多的军事思想与孙武是一致的，这种思想成为后世朝代部分军事将领的治军思想，影响了很多军事人员，这也是诸葛亮能进武庙的原因之一。
华夏历史上不乏名将，而且战绩辉煌的将领比比皆是，但是，能进武庙十哲的人，都是具备一定军事思想和战略高度的，比如张良，熟读《太公兵法》，据说是姜太公所著，这是一部黄老道学的军事思想，再比如白起，他可以说是歼灭战思想的鼻祖了。
再比如韩信，谋略战的最成功运用者，并著有《韩信兵法》，再比如司马穰苴写了一部《司马法》，几乎成为后世的军事教材，这些入武庙十哲的人都不是普通的将领，而是有一定军事思想和战略高度的人，所以像卫青、霍去病这样战功赫赫的将领却不是武庙十哲，因为缺少军事思想和战略高度，而诸葛亮能入武庙十哲就是因为有这两样东西。
再举个例子，诸葛亮的八阵图。
这个八阵图在军事上的意义比那本《便宜十六策》要更重要，古代战争都是靠阵法对抗的，没有单挑，也没有乱砍。
一个时代有一个时代的阵法，据说华夏