一九三九年四月，岗村宁次抢在华国军队发动四月攻势之前，发动了以夺取南昌为目标的南昌会战。
接着在五月和九月岗村宁次又发动了对第五战区的襄东进击战（随枣会战）和对第九战区的湘赣会战（第一次长沙会战）。
由于岗村宁次对大本营参谋部的无限扩大作战地域的方针大为不满，他被调离前线，回本土当军事参议官，坐了一年冷板凳。
一九四一年四月，岗村宁次被授予大将军衔，被裕仁天皇钦命出任华北方面军司令官。
一九四一年岗村宁次调集数万部队，开始对华北进行残酷的大扫荡，在他担任华北方面军司令时提出的“三光”政策，造成约二百七十多万平民的死亡，双手沾满了华国军民的鲜血。
由于岗村宁次在侵华战争中立下赫赫战功，一九四四年十一月升任华国派遣军总司令官。
一九四五年八月十二日，岗村宁次接到东京大本营密电，透露了准备接受投降的实情。岗村宁次立即向陆军大臣和参谋总长发了电报，要求拒绝《博斯坦公告》、继续作战。
一九四五年八月十五日岗村宁次接到东京总部发来的关于“天皇陛下已决定接受《博斯坦公告》”的陆军第六十八号密令。
九月九日，华国战区樱花军队投降仪式在金陵举行，岗村宁次代表其华国派遣军和驻湾湾和越南北部的派遣军在投降书上签字。
一九四五年九月十二日至一九四八年三月底，岗村宁次先后以“华国战区樱花官兵善后总联络部长官”和“联络班长”等名义，被华国政府软禁在金陵，除协助遣返军队和侨民外，还充当了国民政府军事当局的秘密军事顾问。
一九四九年一月二十六日，民国军事法庭在沪上宣布岗村宁次“无罪”，国内顿时因此事造成了巨大的轰动，一月二十八日红党通过新华社发表声明，向金陵方面提出严重抗议，谴责对于岗村宁次的判决，要求重新逮捕岗村宁次。
此时常某人已经宣布下野，时任代总统的李宗仁为争取和谈，下令重新逮捕岗村宁次，但是淞沪警备司令汤恩伯却将命令扣押不发，派副官将岗村宁次与其他在押的樱花人乘坐美国人的轮船回国。
一九四九年一月三十日，岗村宁次搭乘“