子。】
赤红低眉沉思，总觉得哪里不太对劲。
他是不是被套路了？
都怪青绿！
……
画面中——
结束了白银大会的旅途之后。
喷火龙觉察到了自己的不足，决定再次返回喷火龙山谷进行修炼。
而小智也回到了真新镇进行修整。
休整了一段时间过后，小智再次出发继续旅行。
毕竟小智的梦想是成为宝可梦大师。
他怎么能在这个时候停下来呢？
而继续旅行的小智却遭遇到了一件奇怪的事。
四处旅行的小智一行人邂逅了训练家小凌，双方进行了对战后结成朋友。
他们来到了绿地镇，发现结晶还继续向外扩散，开始吞噬一切。
这时秀力博士失踪的消息已经传到了真新镇，大木博士和小智的母亲花子因为挂念他的安危也赶来了。
由于小美想要妈妈，在塔中化身为她爸爸的炎帝，便催眠了小智的妈妈，并将她绑架进结晶塔充当小美的妈妈。
小智此时已经无法置身事外，必须设法驱除未知图腾们，解救妈妈和小美，摆脱结晶塔神秘力量的控制。
小智、小霞、小刚还有他们的宝可梦在小凌给予的宝可装置的帮助下，一边同在宝可梦中心的大木博士保持联系，一边向着结晶塔进发。
跟踪皮卡丘而来的火箭队三人组也尝试着调查宅邸，结果被炎帝击飞掉入了宅邸深处。
小美在电视里看到小智一行人并进入了梦乡，幻想着她成为了一名宝可梦训练家。