元文宗继位，将孛儿只斤妥懽帖睦尔流放到高丽大青岛与广西静江（今桂林）。元文宗、元宁宗相继驾崩后，孛儿只斤妥懽帖睦尔被太后卜答失里下令迎回，于至顺四年（1333年）六月八日，即位于上都称皇帝。
孛儿只斤妥懽帖睦尔是元朝第十一位皇帝，蒙古帝国的第十五位大汗，也是元朝作为中国统一政权的最后一位皇帝。元明宗和世长子，元宁宗懿璘质班长兄。生母是迈来迪。
妥权帖睦尔登基后，是一个“深居宫中，每事无所专焉”的傀儡皇帝，继燕帖木儿而兴的权臣伯颜以右丞相的身份专擅朝政，但是燕帖木儿家族的势力仍然很大，其弟撒敦为左丞相、儿子唐其势为御史大夫，女儿答纳失里还拥有皇后之尊。
到元统三年(1335年)时，撒敦死去，唐其势升为左丞相，欲与伯颜争权，遂与撒敦弟答里密谋发动政变，杀伯颜，废顺帝，另立元文宗的义子塔剌海(燕帖木儿之子，唐其势之弟)。同年六月，伯颜粉碎唐其势的政变，消灭燕帖木儿余党，同时将答纳失里皇后逐出宫中，并将她杀害。同年十一月，妥权帖睦尔以“祖述世祖”为名改年号为“至元”。
当时，伯颜被封为秦王，一手遮天，“势焰熏灼，天下之人惟知有伯颜而已”。他大肆排斥异己，甚至杀了自己的老主人郯王彻彻秃一家，并贬谪宣让王帖木儿不花和威顺王宽彻普化。他聚敛财富，穷奢极欲，甚至出入太皇太后卜答失里宫中，与其私通，以致大都传诵伯颜是“上把君欺，下把民虐，太皇太后倚恃着”的讽刺伯颜的歌谣。伯颜最被人诟病的是排汉的民族压迫政策，在他的主导下，蒙古、色目殴打汉人、南人不得还手，禁止汉人、南人学习蒙古、色目文字，重申汉人、南人不得执兵器之戒，严格控制汉人做官的限界，汉人、南人遭到前所未有的排斥，在伯颜当权下的中书省只有王懋德、许有壬、傅岩三人做过左丞和参知政事。地方上甚至还没收汉人铁制农具及禁止汉人文化活动。至元元年(1335年)十一月，伯颜取消了科举考试，也是一大倒退。在面临汉人反抗时，伯颜甚至提出了杀绝张、王、刘、李、赵五姓汉人的主张，所幸元惠宗没有听从。
伯颜的倒行逆施使社会矛盾原本就十分尖锐的元朝更加动荡不安，广西、山东、四川