神魔大战的结束并不意味着混乱的终结。自盘古陨落后，他留下的混沌之气化作了四种气：玄清气、玄空气、玄灵气、玄冥气。这四种气又孕育了四位圣神：鸿钧老祖、混鲲祖师、陆压道君和女娲娘娘。他们在天地间诞生，各自掌握着不同的神通和力量。
与此同时，天地间又诞生了一批先天生灵，如祖龙、元凤、始麒麟等。这些生灵天生不凡，逐渐成为了洪荒大地的统治者。祖龙统领龙族霸占整片海洋，元凤掌控天空，而始麒麟则统治着陆地。然而，随着祖龙的傲慢和暴力行为日益严重，引起了其他两族的不满。凤族和龙族之间的矛盾逐渐激化，而麒麟族也常受两族打压和侵略，心中早有怨气。最终，三族大战一触即发。
这场大战打得天昏地暗，山崩地裂。龙族、凤族和麒麟族各自使出浑身解数，展开了一场生死较量。整个洪荒大地都被这场大战波及，大山倒塌、河流断流、一整块大陆四分五裂。这场大战不仅导致了无数生灵的死亡，还破坏了气运，使得盘古开创的世界变得不稳定。
面对如此惨烈的局面，四位圣神终于出手干涉。他们运用神通，将三族大战的战火平息下来。最终，祖龙被封印在昆仑山下的龙泉洞内，龙角被削断丢在四海。元凤身受重创，无法在浴火重生，死前产下一凤凰蛋，女娲念其母爱伟大前来保存其最后的血脉。元凤最终含笑陨落。始麒麟也遭受重创，临死之际要求自己唯一的后代四不像做鸿钧老祖坐骑，以保存一线生机传承后代血脉。鸿钧老祖接受了四不像后，始麒麟在昆仑山之间陨落，其身躯化为麒麟崖。其余生灵死伤无数，洪荒哀嚎遍野，三族差点灭族，从此退出洪荒舞台。
然而，三族大战的结束并未给洪荒大地带来长久的和平。随着巫族、妖族、魔族以及女娲创造出来的人族的崛起，新的矛盾和冲突不断产生。其中，最为引人注目的便是巫妖两族之间的大战。
巫族以十二祖巫为首，他们乃是盘古精血所化，居住在大地的山川之中，掌管着大地。而妖族则以妖帝东皇太一为首，创立了妖庭，统御天下万妖，掌管着上天。两族之间一直存在着竞争和矛盾，但由于双方势均力敌，一直未能爆发大规模的冲突。
然而，随着东皇太一的九个后代——九只金乌偷溜出太阳宫