不改正，审计机关可依法对其进行行政处罚，包括警告、通报批评等，并可能对施工单位处以一定数额的罚款（如5万元以下）。对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，也可能面临个人罚款（如2万元以下）的处罚。
刑事责任：
在极端情况下，如果施工单位的不当行为构成犯罪，例如故意提供虚假资料、销毁证据等严重违法行为，审计机关会依法追究其刑事责任。
二、合同责任及处罚措施
赔偿责任：
如果施工单位在施工过程中违反合同规定，造成国家建设资金损失浪费或其他损害，将需要承担相应的赔偿责任。这通常涉及对实际损失的赔偿，包括但不限于修复费用、额外审计成本等。
违约责任：
根据施工合同的约定，施工单位可能需要承担因不当影响审计结果而产生的违约责任。这可能包括支付违约金、赔偿损失以及承担因违约导致的其他相关费用。
合同解除与终止：
在某些情况下，如果施工单位的违约行为严重到足以影响合同的继续履行，业主方可能有权解除合同或终止合作。这将导致施工单位失去未来的收益机会，并可能面临进一步的法律纠纷和声誉损失。
综上所述，施工单位应当严格遵守相关法律法规和合同约定，确保审计工作的顺利进行和结果的准确性。任何试图通过不正当手段影响审计结果的行为都将面临严重的法律后果和合同责任。