主要讲的就是一个卧底史宾斯夺取了蜂巢之内的t病毒与疫苗，走之前顺手打碎了一瓶t病毒。
这种t病毒可以通过气体传播，而且传染力极强，感染力极其恐怖。
因此，在打碎之后，其中那可以促进人类进化，失败后有严重后果的t病毒，通过蜂巢的通风系统传遍了整个蜂巢。
在灾难发生，蜂巢所有成员感染到了t病毒之后，里面的人工智能红后也是察觉到了不对劲。
那设定在人工智能之中保护人类的优先级命令，驱使她当即封锁蜂巢，进行消杀。
后面，保护伞其他部门的人察觉到不对劲，又或者是已经计划好了，派遣小队前来查看。
中间遇到了因为红后释放的气体而短暂失忆的爱丽丝。
以及那个为了利益、涉及保护伞公司内部高层斗争而盗取t病毒，并将t病毒泄露出去的史宾斯。
失忆的两人加入了队伍。
之后众人在付出了生命的代价后，合力关闭了蜂巢，无意间将t病毒扩散了出去，同时释放的还有一大群丧尸和舔食者。
一路上与这些丧尸病毒制造的怪物对抗，特种小队的队友一个个的死去，爱丽丝也慢慢觉醒了自己的战斗天赋。
最后爱丽丝和他的队友，杀出了蜂巢，又惨遭暗算。
在经过初期保护伞的暗中出手后，爱丽丝变得更强，干掉了那位保护伞中层，夺得直升飞机，离开了即将被核弹毁灭的浣熊市……
属于浣熊市范围内的生化危机大概剧情就是这样。
在没有扩散至全世界之前，生化危机的剧情还是相当简单。
但是也有极其难受的地方。
那就是除了丧尸的数量和可以进化的舔食者，还有保护伞那些家伙在窥视。