击退黑暗势力舰队后，科研基地内一片忙碌景象。莫尔带领科研团队继续深入研究水晶装置，力求挖掘更多能量运用方式，为联盟增添对抗黑暗势力的筹码。卡尔博士则专注于分析黑暗势力新型电磁脉冲武器，期望从中找到破解和反制之法。
艾丽在指挥中心，看着各项战后修复和防御部署报告，眉头紧锁。这场战斗虽胜，但暴露出联盟诸多问题。侦察能力不足，未能提前察觉黑暗势力在偏远星球的行动；科研基地防御虽有新系统，但面对伪装攻击仍显脆弱；舰队武器和电子设备易受干扰，是亟待解决的短板。
艾丽召集扎尔、雷诺等核心成员开会，商讨应对策略。扎尔提出加强对偏远星球和星系边缘巡逻，建立更完善侦察网络，防止黑暗势力再次秘密行动。雷诺建议改进舰队武器系统，降低对电子设备依赖，同时研发反电磁干扰技术。众人讨论热烈，最终形成一系列改进计划。
会后，艾丽前往科研基地看望卡尔博士和莫尔。此时，莫尔团队在将水晶装置能量转化为其他实用技术方面取得初步进展。他们发现，水晶装置能量可稳定转化为一种特殊能源，能大幅提升飞船动力系统效率。卡尔博士则在研究黑暗势力武器时，发现其技术原理与宇宙神秘力量存在微弱关联，这一发现让他既兴奋又担忧。兴奋的是可以借此深入了解神秘力量，找到克制黑暗势力关键；担忧的是神秘力量未知性，贸然探索可能带来新危机。
艾丽得知这些发现后，意识到探索神秘力量或许是掌握主动的关键。她决定组建一支探索小队，深入宇宙寻找与神秘力量相关线索。雷诺主动请缨带队，艾丽批准，并从联盟和泽塔星系挑选精英成员加入。
探索小队乘坐装备新型动力系统飞船出发，前往宇宙中可能存在神秘力量痕迹区域。在漫长航行中，他们遭遇各种宇宙现象和危险。一次，飞船误入一片强辐射星云，能量护盾在辐射冲击下急剧下降。雷诺冷静指挥，利用飞船机动性调整航线，同时启动能量护盾强化装置，最终成功脱离星云。
经过数月探索，小队在一个古老星系边缘发现异常能量波动。追踪波动源头，他们来到一颗被浓厚能量场包裹的星球。进入星球大气层后，发现这里存在古老文明遗迹。遗迹中建筑风格奇异，刻满神秘符