寺正好座落在花心的位置上，因此得名九莲山少林寺，世称南少林寺。
九莲山中有座林泉院，始建于南朝陈永定元年（557年）。
至北宋嘉佑年间（1056~1063年），此寺已形成很盛的武风，成为中国东南沿海武术活动的中心。相传河南嵩山少林寺13武僧帮助唐太宗统一中国后，唐太宗赐于“僧兵”，并准许在全国各地建立十座分寺。据考，荔城区九莲山的林泉院，就是少林寺十座分寺中较早创建的分寺之一。因为规模宏大（占地约三万平方米），武风鼎盛，影响南中国，故称之为南少林寺。据考，该寺于清初被清兵焚毁。
南少林寺的伽蓝菩萨与众不同，不是关公像，而是“紧那罗王”，形像为袒胸赤脚、手握烧火棍。据《河南府志》记载，元至正（1341~1368年）初年，少林寺有位行者，蓬头裸背跣足，手中常提一根烧火棍，在厨房做杂务，尽职尽责，十分勤劳。由于地位低微，寺中竟然无人知其由来。至正十年（1350年），少林寺被红巾军围攻，危急关头，这位行者手提烧火棍，冲出山门，身体忽然长高至数十丈，站立山峰之上，大叫“吾乃紧那罗王也”，红巾军见此情状，惊恐万分，到处逃串。少林寺因此免遭大难，而这位行者也在随后圆寂。至此，少林寺的僧众才知道这位行者就是紧那罗王的化身。为了纪念这位行者的护寺之功，在寺中为他塑了像，建了紧那罗殿，请他担任寺院的护法伽蓝菩萨，并塑造形像供于大寮（厨房），供奉为“监斋使者”，以圆满寺院饮食之事。之后，天下寺院纷纷仿效，也在大寮供奉“监斋使者”紧那罗王菩萨。
南少林寺主建筑群北侧平台上，有一座资福寺，建于清初南少林被毁之后不久，具体年代不可考。
相传清初南少林武僧参加反清复明斗争，清兵乘虚绕道而攻，猖狂烧毁南少林寺。这时有五位武僧杀出重围，幸免于难，其中两人流落泉州，一人流落永泰、一人流落仙游，还有一人隐姓埋名于福州长庆寺，后来当上方丈，他在当方丈期间，伺机指派弟子回泉山重建南少林寺，不敢沿用原名，故改为“资福寺”。清光绪二十四年（1898年，与戊戌变法同年），该寺由福州长庆寺（西禅寺）方丈带领僧众和信众重修。资福寺坐北朝南，歇山式，二进