尽管宇宙融合的新时代带来了诸多机遇，但也不可避免地面临着一系列挑战。
首先是文化冲突的潜在风险。尽管星际联盟和新文明在文化交流中取得了一定成果，但随着更多文明参与到宇宙融合进程中，不同文化之间的差异可能引发更深层次的冲突。一些文明的价值观可能与其他文明背道而驰，例如某些文明可能强调个体的绝对自由，而另一些文明则更注重集体利益。这种价值观的碰撞可能导致误解、矛盾甚至敌意的产生。
在社会结构融合方面，不同文明的政治、经济和社会制度差异巨大。要实现相互借鉴和融合并非易事。例如，一些文明实行高度集权的政治制度，而另一些则是民主共和制。如何在融合过程中协调这些不同的制度，确保各个文明在保持自身特色的同时实现共同发展，是一个亟待解决的难题。
科技融合也遇到了新的瓶颈。随着参与融合的文明增多，不同科技体系之间的复杂性呈指数级增长。各种科技成果在融合时可能出现兼容性问题，或者由于基础理论的差异而无法有效整合。而且，科技发展的不平衡也可能导致一些文明在融合过程中处于劣势，进而引发不满和竞争情绪。
为了应对这些挑战，林晓家族再次发挥了重要的引领和协调作用。他们组织召开了全宇宙范围的文明融合大会，邀请各个文明的代表共同商讨应对策略。
在文化方面，大会提出建立一个多元文化包容与理解的教育体系。这个体系将在各个星球的教育机构中推广，旨在通过教育让宇宙居民从小就了解不同文明的文化差异，培养包容和尊重不同文化的价值观。
对于社会结构融合，大会倡导一种“求同存异、循序渐进”的原则。各个文明在融合过程中可以先寻找共同的发展目标，如提高居民生活水平、保护宇宙环境等，然后在这些共同目标的基础上，逐步探索适合双方的融合方式，而不是强行要求一方改变自身的制度。
在科技融合方面，成立了全宇宙科技融合协调委员会。这个委员会负责对各个文明的科技体系进行梳理和分类，制定统一的科技融合标准和规范。同时，为了避免科技发展不平衡带来的问题，委员会还将推动科技援助计划，鼓励科技发达的文明帮助相对落后的文明提升科技水平。