如山般沉重的政治压力，尽管他心怀壮志、满腔热血，却也只能徒叹奈何，难以真正按照自己的意愿去施政施策。
终于，在咸康八年（公元 342 年）这个多事之秋，司马衍不幸染上恶疾，身体每况愈下。纵然宫中太医们竭尽所能，用尽各种珍贵药材和奇方妙法，也终究无力回天。没过多久，这位年轻的帝王便带着满心遗憾与世长辞，享年仅仅二十二岁。
回顾司马衍在位的这十七载岁月，虽然他始终未能彻底掌握朝政大权，成为真正意义上的一国之主，但却亲身经历并见证了东晋初期那段风云变幻的政治格局演进历程，以及整个社会在时代浪潮冲击之下所发生的种种发展与变迁。
历史评价
晋成帝司马衍在位期间，东晋政权处于门阀士族的强势掌控之下，他个人的政治作为受到极大限制。然而，他所处的时代背景复杂，在门阀士族争权夺利的夹缝中，东晋政权得以维持相对稳定，这也离不开他作为皇帝所起到的一定象征作用。虽然他没有显着的政绩，但他的存在是东晋历史发展链条中的重要一环，其在位期间的政治格局和社会变迁，对东晋后续的发展产生了深远影响。