在现代，有些人怀疑李旦和颜思齐都是被郑芝龙谋害的。
必须承认这种怀疑是有一定依据，并且是建立在符合逻辑的推理之上的。
疑点一，是李旦和颜思齐的死，使郑芝龙成了最大的受益者。
而且这两人只要有一个不死，郑芝龙都不可能有机会成为福建商帮的领袖。
至少是不可能在年仅21岁的时候，就成为那样的大人物。
疑点二，是李旦和颜思齐的死期太过于相近，都是在1625年先后死去的。
李旦当时已是六旬老人，又经过海上的长途颠簸，病死倒还能说的过去。
可颜思齐当时却只有37岁，正值壮年，死的确实是有些离奇。
如果他当年不死，还能得享天年的话，肯定是李旦的顺位继承人。
如此一来，福建商帮怎么都不可能落在郑芝龙手里。
所以推测郑芝龙谋杀了颜思齐也是符合逻辑的。
疑点三，是郑芝龙上位以后，李魁奇、许心素、李国助等李旦的亲友都纷纷与他作对。
这背后的原因除了利益之争，最大的可能便是这些人掌握了郑芝龙谋害李旦和颜思齐的证据。
但另一方面，也存在对这些推断不利的线索，
便是杨天生、阵衷纪、洪升等颜思齐的铁杆兄弟，在颜思齐死后，都跟随了郑芝龙。
如果他们怀疑，或者是掌握了郑芝龙谋害颜思齐的证据，又怎么可能追随他呢？
此外，郑芝龙第一次接受明朝诏安的时候，因为发现明政府企图分化他的势力，便决定返回台湾。
但又怕所有人同时走容易打草惊蛇，便决定分批次潜逃。
于是杨天生、陈衷纪等人就先返回了台湾。
等到郑芝龙从福建逃出来时，杨天生、阵衷纪等人前去接应，却在澎湖遭遇了李魁奇。
当时杨天生、陈衷纪等人碰巧全都在台湾染了瘟疫，自然不是李魁奇的对手，全都被其所杀。
这就说明，当时年轻人在台湾感染瘟疫的概率还是很大的。
所以在李国助看来，郑芝龙的崛起完全就是一个历史的巧合，
与被其谋杀相比，李旦和颜