职能不在六部尚书之下。
这基本上表明，朱棣设立殿阁大学士的初衷，便有着削弱六部尚书地位与职掌之意，也就此奠定了两者之间相互制衡的关系。
当然，内阁这种职、权严重不相匹配的情况并没有长久持续，随着内阁地位的提升，仁宣时期开始形成阁臣入阁后加六部尚书或侍郎等虚衔的惯例。
如洪熙元年(1425)正月，加封“黄淮为少保、户部尚书仍兼武英殿大学士，加少傅兼华盖殿大学士杨士奇兵部尚书，太子少保兼武英殿大学士金幼孜礼部尚书，俱三俸并支，仍掌内制”。
虽然这种加封是“不预所升职务”的，但在一定程度上也是对六部职权的侵犯。时人对此也曾明确指出其有违祖宗之意，“大学士五品尔，如欲加于六卿，则何不崇其阶衔也”。
这种加衔虽然破坏了对内阁的限制，但是显然在一定程度上给予了其干涉六部事务的便利，进一步强化了内阁对六部尚书的制衡。
另外，内阁建立之初的选任方式也与六部官员有明显差异，内阁基本都是以直接从翰林院官员中选拔为主，甚至因此曾选择部分新科进士与翰林院官员于内阁观政，作为阁臣的预备者。这一条到如今万历年间也依然存在，即所谓观政进士是也——他们的共同特点其实并不是“进士”，而是“翰林”，绝没有不是翰林却做了观政进士的。
对此种情况，《明实录》中较为明确的记载大概有两次，第一次是在永乐二年(1404)左右，当时新科进士中的一甲与庶吉士的28人“就文渊阁进其学”，最终三年考满之时，彭汝器、王直、余鼎等人得以留任。
第二次是在宣德九年(1434)八月时，“命行在翰林院修撰马愉、陈询、林震、曹鼐，编修林文龚、锜钟复、赵恢，大理寺左评事张益，同庶吉士萨琦、何瑄、郑建、江渊……三十七人，于文渊阁进学”。
文渊阁是阁臣入直办事之地，这两次进学实质是内阁为挑选接班人而进行的，其中较为明确的是，王直曾长期在内阁撰写诏书，马愉、曹鼐在杨士奇、杨荣致仕后入阁预机务，可见当时内阁迁入的惯例是以翰林院官职为主，这在正统以后也继续沿袭，“故正统年间陈循、高谷、苗衷、马愉、曹鼐以学士入，张益、彭时、