申时行与其他那些官员最大的不同，不在于他是首辅，地位高了一大截，而是在于申时行从皇帝还在做太子时就担任其“同知经筵事”，对皇帝的了解远超同派系内的其他官员。
同知经筵事，简单类比一下就相当于后世的副班主任。太子殿下当时的“班主任”是高拱和朱希忠——当然这是为了表示储君需要文武兼备而设置，实际上朱希忠只是挂名而已，真正的“班主任”是高拱。
可是，彼时的高拱作为内阁首辅，又兼着吏部尚书，光是政务的处理就已经无比繁重了，哪里还真的能够履行多少“知经筵事”的职责？他了不起也就是掌握一下大方向，实际工作基本都只能丢给时任礼部侍郎的申时行。
换句话说，申时行当时就是“副班主任代理班主任”，是对朱翊钧最为了解的“帝师”。
在朱翊钧的思想动态、行为习惯等方面的掌握上，天底下能排第一的人是高务实，而紧随其后的就要属他申时行了。
朱翊钧用人的习惯，不惟高务实一人了如指掌，他申元辅同样心知肚明。对于自己信任的臣子，朱翊钧任何时候都“很好说话”；对于信任的臣子要办的事，他也能够全方位的给予支持——除非在这种支持力度之下你都能把事办砸，但那就是另一回事了。
具体到高务实这次的事情上，朱翊钧本身就很可能会表示支持，因为高务实的这个户部尚书本来就是他亲自“宸断”并提出的，内阁及九卿的廷议实际上只是“补票”，所以此时想劝他出面拦住高务实就已经很不容易了，申时行“就事论事”的奏疏就是为此而上。
但偏偏这些官员不知轻重，甚至还找错了突破口。
以朱翊钧对高务实的信任程度，你污蔑高务实什么玩意不好，你要污蔑他谤君？
哦，你说你弹劾的是高务实毁谤后来的皇帝而非今上，那我倒要问一问了，后来的皇帝是谁啊？皇上现在连太子都不肯立呢，你指望皇上现在会关心这茬？
更何况，高务实现在的职务是什么？
户部尚书？对，没错，但是……还有呢？
他是太子太师啊！你们就这么不把加衔当乌纱帽看吗？
人家是太子太师，连批评太子都是职责所在、分所应当的正