随着王锡爵的到来，国本之争压倒了此前风头正盛的谤君案，一时之间成为京师百官的新焦点、
为此，京师局势自然也出现了新的动向。实学派官员们开始不顾寻常“规矩”，三番五次上门拜访高务实或者许国。在拜访高务实的官员中，甚至出现了张学颜与吴兑这两位阁臣的身影。
心学派的官员们也没闲着，包括申时行在内，都去了王锡爵的府上拜会，美其名曰是庆祝他起复回京，实际上自然是就近期的局势举行一个内部会议。
王锡爵在内阁排名虽然最末，但毕竟身份特殊，而且一来就抢足了风头，申时行也乐意给他这个面子，在这次会晤之中把绝大多数发言的机会都让给了他，看起来一副亲密无间、其乐融融的模样。
其实申时行与王锡爵虽然关系不错，但往日也并没有好到这个份上。但正如同《明史》中对他们两人个性的评价一样，“然时行柔和，而锡爵性刚负气。”
王锡爵幼时便好名，常有惊人之语，又因为是学霸，名头很是不小。昔日在高拱当政之后，他因为自己的耿直和端方之名，逐步引起了高拱的关注，把他从南京国子监司业转任北京国子监司业，不久升为右春坊右中允。
之后，因为一段时间以来王锡爵都表现得很正常，于是又是在高拱的主持下，将他升任为国子监祭酒和詹事府詹事等职。
尤其要提国子监祭酒一职，这是高拱自己当初做过的，他很重视这个位置，任命得很谨慎。若不是名声素佳、学问扎实之人，高拱是绝不肯乱给的。
不过，国子监祭酒就算是小九卿之一了，詹事府詹事也是一样。王锡爵到了这一步，大概是觉得自己翅膀已经硬了，开始暴露出他完全是心学派官员的一面，忽然上疏弹劾内阁忙于政争而懈怠政务，终于成功触怒了首辅高拱，被贬到南京翰林院掌院事。
当时高拱已经在高务实的帮助下击败张、冯联盟，完全掌握内阁，心学派没有人敢出手相助王锡爵，因此王锡爵老实了下来，也明白自己不可能和高拱硬刚，态度有所软化。
如此过去两年，高拱认为王锡爵应该是“想通了”，查其吏部档案，他在南京翰林院的表现也很优秀，于是高拱又把他调回了北京。
这次回京，