宫和坤宁宫的重建工作却刻不容缓——皇帝和皇后总不能睡工棚吧？
这种领导多、经费少、工期紧的项目，最后落在了工部一个叫贺盛瑞的郎中头上。
贺郎中是当时朝中为数不多的实学派“残党”，不贿赂太监，不勾结官员，还特别能干，是那种杨国强特别想要的项目经理。当时朝廷给修建两宫拨了160万两白银，贺郎中仅用了67万两就完成了任务，留存93万两上缴回部。
这显然是典型的能臣干吏，然而那时候的朝堂容不下这种实学派残党，那些想借此捞一把的贪腐势力更加不能容忍，最终贺郎中被污蔑陷害罢官离京，后来郁郁而终，令人扼腕。
乾清宫和坤宁宫的重建因为贺胜瑞的卓越才能而顺利完成，但三大殿的重建却最终演变成一场财政灾难，甚至可以看做是敲响了大明的丧钟。
三大殿再次起火的万历二十五年实属多事之秋。这一年，日本关白丰臣秀吉拒绝受封，日本军亦未撤离釜山回国，日将清正统战船二百艘驻扎张营，并同时调动各路人马，准备重新夺回归还朝鲜的战略要地和都市。
正月二十五，朝鲜再一次遣使向大明求援。二月初五，大明朝廷遂召集各官议论朝鲜战局的形势，分析日军的动向。
十一日，再议援朝事宜，决定调宣府、大同和蓟、辽军队七千人，募浙兵三千七百人，并诏令朝鲜设立海防司道官。
十五日，任命原延绥总兵官、都督同知麻贵为备倭总兵官，统帅南北诸军，出师朝鲜，征剿日本侵略军。
三月十五，升山东布政司右参政杨镐为右佥都御史，经略朝鲜军务。
不止是朝鲜乱局再生，这一年播州的杨应龙也出尔反尔，引苗兵攻入四川贵州和湖广；朝堂之上，刑部右侍郎谢杰直谏朱翊钧“节用不如初，勤政不如初”，刑部左侍郎吕坤更是直言朝廷摊派过重，民不聊生。
在这种艰难局面下，已经变得将和文官集团斗争作为战略目标的朱翊钧不仅不肯退让，反倒愤而决定重启三大殿的建设。
此时的大明财政，皇室费用、官俸支出、军费糜耗等日常开支已相当庞大，如何筹措三大殿的巨额修建费用，成了一桩难事。最终还是万历拍板，“迨两宫三殿灾，营建费不赀，始