求神宗早定“国本”，册立皇长子朱常洛为皇太子。在当时，“力请者鳞次，四海之所倾心也”。朱翊钧则强势打压群臣，“言官劝请豫教，盖被降罚，省闇几空”。
王锡爵也早在万历十九年疏谏朱翊钧，要求早立皇长子为太子。朱翊钧也是不听，王锡爵遂以省亲为名离京。
万历二十年，礼科给事中李献可疏言“国本”之事，朱翊钧降献可外任，时任内阁首辅的王家屏也十分硬气，封还御批以救言官，并以去位明志，朱翊钧不留。继而王锡爵被召还，继任为首辅。
由此刻见有明一朝君臣冲突的激烈情状，在当时，许多官员以终结仕途作为其坚持政治主张的代价。
刘健、谢迁言“乞休”，即被允退。仅嘉靖三年数月间，杨廷和、毛纪、蒋冕三任首辅先后因与世宗争“大礼”去位，吏部尚书乔宇、杨旦、礼部尚书汪俊亦致仕回籍。
万历朝几任阁臣，如王家屏等，皆因“国本”一事忤君，疏言求去，朱翊钧也不留。由此高务实看出来，士大夫群体积极抗争，的确给皇帝施加了巨大的政治压力，但在这个过程中，君臣关系亦不免趋向恶化。
杨廷和当年便曾说过：“比议大礼，则以鱼水之投，而为水炭之隔。”
君臣冲突初起时，阁臣身处中枢，位近于百官首领，他们难于置身事外，事实上，刘健、杨廷和等人引导了当时群臣对皇帝的抗争之举。
而出现因冲突导致君臣关系紧张的局面时，阁臣亦难于置身事外，他们势必要做出政治抉择，是持续性的以直抗君？还是委曲从君？
阁臣若取直道强谏，甚至一去以明志向，该种行为节义显见，也使皇帝感受到其对政治原则的持守。但如此决绝，又在一定程度上意味着士大夫对自我价值的否定，此不仅系于个人官位名利之事，也意味着当事者在已然焦灼的局势中，失去了发挥持续性政治影响力的常规途径。
阁臣若缄默，直至委曲从君，这有助于当事者获得皇帝的信任，进而采取可能的手段来缓和紧张气氛。但如此为之，在强谏明志者前赴后继的政治氛围中，则不免要承受关于名节有亏的舆论指责，以及随之而来的心理焦虑。
总的来说，大规模的君臣冲突既是政治事件，同时也构成一种