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1560年，腓力二世以英国背叛天主教为由，以各种手段干涉英国内政，甚至意图左右英王的人选。与此同时，因新加冕的英王伊丽莎白一世大力推行和发展新教，更是激起了罗马教宗的不满，甚至一度宣称伊丽莎白一世的英国国王之位是非法的。
英国在大力发展新教的同时，也在同步对外输出新教，目标即为荷兰(尼德兰)。荷兰原本一直处于西班牙的控制之下(腓力二世的父亲查理五世通过继承得来)，是后者重要的税赋来源地。但自1581年开始，荷兰就宣布脱离西班牙的控制，进而成立尼德兰联省共和国。
本质上来说，腓力二世干涉英国有一定的法理基础，即他是英国前女王的丈夫，是当时英格兰王国的共治国王(尽管他并不长期呆在英国，玛丽在世时他也不爱搭理英国事务)。但英国在伊丽莎白一世继位后向尼德兰地区输入新教，则实在毫无法理依据，的确可以称得上腓力二世所说的背叛天主教了。
而且，西班牙和尼德兰之间的事务从某种意义上来说，应当算得上是“内政”。英国对本就信仰天主教的荷兰输出新教，当然会激化与西班牙之间的矛盾。久而久之，英国和尼德兰的关系愈发密切，同时与西班牙的关系则越来越糟糕，也就不奇怪了。
在这期间还发生了一件大事，伊丽莎白的表侄女苏格兰女王玛丽一世(不是腓力二世的老婆那个玛丽一世)因信仰天主教，被腓力二世与天主教会认定是正统英国女王。
1567年，玛丽因贵族叛变而遭到囚禁，并被迫将苏格兰王位让给她的幼子詹姆斯。惊险逃脱后，她迅速逃往英格兰，却又被姑姑伊丽莎白囚禁。此后直至玛丽过世的二十年间，伊丽莎白与詹姆斯的敌对者仍然不停地筹划将玛丽推上英苏二国女王的宝座。
而利益方面的冲突也日益严峻，英国在西班牙大陆、美洲及大西洋的私掠行为(西班牙视其为海盗)严重影响西班牙的王室收入。
英国的跨大西洋奴隶贸易——由约翰·霍金斯爵士于1562年发起——获得伊丽莎白的支持，其无视西班牙政府控诉霍金斯在加勒比地区西属殖民地的贸易实已构成走私，更是让西班牙对英国视如仇寇。
1568年9月，一支由霍金斯与法兰西