—海贼。
到了室町时代，海贼居然不再是蔑称，而有实力的海贼首领更是以“海贼大将”的称号为荣，甚至不再以抢劫财物为生，而以商业活动作为主要资金来源，原有的军力则是为加强他们的统治而存在。后来为了区别两者的不同，便将后者称为“水军”。
日本水军使用的船只大致上三种常规型号和一种特殊型号。常规的依大小排序是安宅船、关船、小早船。三种船都是单桅，远洋时使用帆，近战则使用橹，船体分上中底三部分，底部在吃水线以下。另外还有一种非常规型号，称为铁甲船，但是太重，既不能出远海，又因为日本产铁量不足，造得也很少，暂时可以不提。
那么其他三种船里首先要说的就是安宅船，这种船体积大而坚固，使用“龟骨”，但比同时代京华系之外的明船都脆弱得多，与京华的武装运输舰相比就更不必提了。
该船中央后方设警楼，分三层，配小橹百六十，大橹八十。武器为大筒与铁炮(火炮和火枪)，是正规海军的核心力量，水军布阵时的核心所在，两千石(指载重衡量单位，不同于大明的多少多少料)以上的大船可归入此类。但要注意的是，即便是日本最大规格的安宅船，也还不如京华的武装运输舰大。
其次是关船，这是一款中型战船，设计思想是在兼顾防御力的基础上提高机动性，两舷在八十挺橹到四十挺橹之间。武器也是大筒与铁炮，这种船是当前日本水军的主战力量。
然后是小早船，这是一款小型船，设计思想是放弃防御力，尽可能大的提高机动性。两舷在四十挺橹之下，在正规海军中主要负责侦察和传报。但因其轻巧灵便，效费比相对较高，而技术含量低，故成为海贼们的主流舰只，常常集群使用。
小早船又可以分为铁炮船、长柄船、奇船、物见船、番船、兵粮船等。人员的配备以八百石船为例子，一般配备橹百只，则需要水手百人，船头舵手五人，火枪兵百人左右，战斗人员占据总人数的一半。如果以风帆为动力，则所需水手可大大减少，则搭乘百人的铁炮队。
从以上日本水军的船只就可以看出，小早船单纯只能作战，基本不具备运载能力；关船可以作战也可以运载，但考虑到海船需要储备本船所需的物资来保证自持力，故