方剑，就是从孛拜之乱时赐予魏学曾尚方剑。《神宗实录》的原文是这样的：“……并赐魏学曾尚方剑斩临阵不用命者以肃军法。上切责学曾讨贼数月未平，致虏助逆，威令不肃，诸将生玩其间，复有希功忌能观望之念。以方用兵，姑与更新，赐学曾剑一口，将帅不用命者军前斩首。”
之前多次说万历帝有个特点，就是一旦决定用人，给权方面绝不含糊，而且不会因为早期失利而动摇。除非此人拿着大权而长期办事不利，那才会引得皇帝震怒，然后该罢的罢，该杀的杀。
高务实以往出征也有获赐尚方剑的时候，但权限同样是被限制在武将之内，所以朝中文官没有表示什么不满，就像历史上平孛拜的魏学曾一般。
后来赐尚方剑就开始变多了，三大征时的文官主帅几乎全都被赐了尚方剑。如平杨应龙时的总督李化龙、朝鲜经略邢玠等都在其中。当然万历末年获赐尚方剑的大臣中最出名的大概是杨镐，由于这事过于出名，应该不必赘述。
不过万历朝赐尚方剑好歹都是真碰上了大事，要打大仗，需要调动多方兵马于一人麾下，因此赐尚方剑倒也好理解。然而事情发展到明末就有些不对劲了，尤其是圣天子崇祯帝，赐剑搞得跟赐大白菜似的，终于导致了一个直到后世都争论不休的事，便是袁崇焕杀毛文龙。
其实袁崇焕杀毛文龙这件事，本质上就是“尚方剑权限”的界定问题。换句话说，就是袁崇焕手里的尚方剑到底能不能杀毛文龙——问题不在于杀得对不对，而是能不能。
正是由于尚方剑的特权没有明文规定，因此事实上每一把下赐的尚方剑权力都不一定相同，具体要看皇帝圣旨中是怎么说的。
在袁崇焕杀毛文龙之前，能够看到记载的尚方剑特权大致区别不大。万历末年杨镐的尚方剑，一开始是有人为杨镐申请赐剑，当时官方记载的是“总兵以下不用命者得以军法从事”，不过皇帝对这次申请虽然批准，但后来赐予尚方宝剑时的授权说明则改为“将帅以下有不用命者先斩后奏”。
虽然前提都是“有不用命者”，但是范围从“总兵以下”改成了“将帅以下”，权利由“军法从事”改成了“先斩后奏”。杨镐的这一把尚方宝剑，在授予“先斩后奏”的权利，并指出“不用命者”这