以辞职相威胁，宫中果然对此留中不批，陈于陛便再次上疏申辩，把戏做个全套。
同时，礼部尚书于慎行、工部尚书石星、督察院左都御史沈鲤、督察院左佥都御史王汝训、右通政魏允贞、大理寺少卿曾乾亨、礼部郎中孔兼、员外郎陈泰来、主事顾宪成、张纳陛、贾岩、助教薛敷教等也纷纷再为赵南星求情。
这些人其实分属不同派系，但这次偏偏都出来为赵南星说情，显然说法各不相同，也都各有不同的意指。
万历皇帝听着司礼监给他念着各人的奏疏，疏中时而便有内阁与各部互相指责之处，有些地方甚至含沙射影皇帝本人，不过朱翊钧经过高务实这么多年的影响，对这些说辞基本免疫，不动声色地听完，面色也没有太大变化。
陈矩、张诚皆不敢随意发表意见，只能等皇帝开口。朱翊钧略微沉默，忽然道：“这么多各级官员力保赵南星，如此看来主谋之人应当就是他了。此人朕倒也有些了解，清正刚直倒也不假，可惜志大才疏又心胸狭窄，不过狂愚之徒而已。既然他们肝胆相照，那朕就成全他们。
传旨，赵南星、虞淳熙、杨于庭、袁黄罢职为民；陈泰来降级外调听用；于慎行、石星、沈鲤、王汝训、魏允贞、曾乾亨罚俸三月；曾同亨、孔兼、顾宪成、张纳陛、贾岩、薛敷教等朋谋乱政，降三级外调离京。”司礼监领旨。
内阁首辅申时行得知众人上疏中有提及自己，也上疏请辞，但很快得朱翊钧手诏，其中说“朕因新春积火上升，两目疼痛，卿可即出，待朕火愈，诏卿面商国事。”
从这里皇帝的反应来看，似乎是对申时行无比信赖，依旧将国事委于内阁。申府管事拜道：“老爷深受圣上信赖，恭喜老爷渡过此关。”
申时行道：“老夫与皇上君臣相知，岂是陈于陛、沈鲤、赵南星、顾宪成等人可比？不过此事倒并非我手段如何高明，而是皇上心意如此，聪明人本就不会参与——你看高南宁便一言未发。不说这些了，快去备车，我需入阁议事。”管事受命，出门备车，送申时行往东华门而去。
内阁之中申、王二位谈及京察之事，王锡爵贺道：“此番阁部之争吏部完败，此后我等可尽心国事了。这陈于陛实在是顽固不化，通过此前吏部尚书可不避内阁座轿