政治生态混乱不堪，君臣谏诤日益激烈，同时使得李昖与光海君的父子之间相互猜疑。
光海君为李昖与恭嫔金氏的第二子，因此在王位继承上缺少名分支持。李昖立光海君为世子有两个原因：一来是李昖的懿仁大妃并无嫡子；二来李昖当时一心一意只愿“播迁”，立光海君为世子可以分散廷臣的注意力。
而当李昖准备“内附”之时，便授意光海君分朝，命令光海君往江界组织军队进行反侵略活动。这样一来，既可以应对西人党成员不断施加的压力，又可以鼓舞士气，鼓励朝鲜百姓继续抗战。因此原历史上在大明派兵援朝后，李昖的“内附”便无疾而终。
在明军提督李如松收复平壤后，李昖迅速结束了分朝之事。其实李昖一直认为光海君并不是未来国王的最佳人选，只是他当时为实现“内附”而做的妥协。因此，在李昖回归汉阳后，大力驱逐积极靠拢光海君的西人党成员。
在壬辰战争结束后，光海君一直因为名分问题并未获得明朝的册封，李昖因此更希望更易世子人选，反过来又导致父子之间矛盾渐深。
李昖想立仁穆大妃之子永昌大君为世子，当时的领议政柳永庆等廷臣曾展开秘密讨论，商议是否可以将永昌大君立为世子。但是由于此时李昖突然离世，这一想法还未付诸实践，光海君就已即位。
即位后，光海君任用了李尔瞻等人，而李尔瞻为大北派领袖(这个有别于北人党)，在大北派的主导下，光海君之兄临海君被杀，李昖的仁穆大妃被废，仁穆大妃之父金梯男被杀，永昌大君被废为庶人，圈禁至江华岛，于万历四十二年年被江华岛府使郑沆杀死。
在光海君即位之后，朝政便由大北派掌控，此时西人党欲重夺政权，便发动了“仁祖反正”事件，并且最终重夺政权。
总之，“内附”事件使得朝鲜朝内党争不断发酵，而李昖“内附”过程分为两个阶段，第一阶段为“播迁”，在播迁途中，党争作用于“立世子”事件上，东人党与西人党大规模争论，最终东人党获胜，光海君被确立为世子。
“内附”的第二阶段便是对“播迁”方向的选择。此时，不同意“内附”的廷臣开始提出“世子分朝”的建议，“内附”事件直接促成了李昖与光海君分朝，李昖北上