大屠杀。早在人类诞生以前看似低等的虫族就已经存在，进化的时间比人类长得多，他们懂得各种军事战术，把人类耍得团团转。身受重伤的瑞科被硬汉团救了回来，也因祸得福加入了身经百战的硬汉团，团长正是曾经教自己平民和公民有什么区别的高中老师。
人类惨败之后，星际元帅迪恩斯辞职，新任星际元帅泰哈特·梅鲁（tehatru）设计了一个新的战术，通过逐一瓦解克兰达夫系统中虫族殖民的各个星球，来击垮虫族的势力。在一次次战斗中，瑞科再次证明了自己，甚至一个人干掉了一只坦克虫。
在p星球威士忌哨所，硬汉团发现了在幕后遥控的脑虫。“威士忌哨所埋伏战”打响。
瑞科所在的硬汉团遭遇了虫族重兵的埋伏，高中老师团长被杀，于是瑞科成为了新一任的硬汉团团长。但他也失去了对自己死心塌地的新女友迪兹·弗洛雷丝（女二的人气真的很高）。
得到关于脑虫的关键线索后，硬汉团继续挺近，在卡尔心灵感应的指引下，瑞科找到了脑虫的所在地，在这里竟然还有前女友卡门，以及让自己成为前男友的前女友卡门的现男友（！！！）。而这只脑虫，正是人虫之战的关键所在。“p星脑虫追猎战”开启。
最终，瑞科掏出核弹震慑住了虫子，人类破天荒地在p星上活捉了一只脑虫，而高中时的好友卡尔随即出现，接管了脑虫开展研究，此时的他已是心灵战略部队的高级军官。高中时的三个好友，重新聚首。
脑虫被捕，与此同时，各地的战争还在继续。
虫族向新堪萨斯殖民地发射了一个虫舱。当地人意识到虫族的入侵后，警告当局并试图逃离。然而，他们很快就惨遭虫族的屠杀，附近的小镇迅速被虫海吞没。最后机动步兵团赶到与虫族血战，最终以巨大的代价惨胜。史称“新堪萨斯战役”。
稍后，《星河战队2：联邦英雄》的剧情线开始。
著名的祖鲁阿尔法战役（battleofzualpha）。
联邦军队对虫族展开全面进攻，本想一鼓作气结束战斗，但却陷入了持久战，不得不开始挖壕沟，建地堡，搭电网与虫族鏖战。在祖鲁阿尔法星球上，与虫族作战的机动步兵队英勇6组，陷入虫族包围，仅存的小