虽然觉得皇帝陛下很特殊，但没有任何大医官说，他们希望解剖皇帝。
解刳院在皇帝手术中没有任何的问题，但张居正在调查中发现，解刳院在违规操作，解刳院有相当多的规章制度，药品的管理非常的严格，镇痛药物甚至需要三个人互相监督才能支取，很多规章制度，是因为解刳院给皇帝看病而专门设立。
解刳院的违规，主要是集中在了实验上，解刳院明令禁止，任何大医官不得以自己为样本进行试药，皇帝陛下苦心搜集了那么多的都不能称之为拟人的畜生，凌迟犯，送进解刳院就是让大医官做实验的。
但解刳院的大医官普遍存在拿自己试药的现象，比如已经脱离了观察期的大医官庞宪，在进行了反复验证后，将牛痘种植在了自己身上，获得了天花的免疫。
“所以先生，要责罚医者仁心的大医官吗？他们是对自己的实验负责，才会用自己试药，先生怎么忍心责罚他们呢？”朱翊钧两手一摊，张居正要求惩处这种行为，大明皇帝不同意。
“陛下，每一个大医官都是众人异样的目光中，走进了解刳院里，研究生物无穷之理，他们每一个都很宝贵，而标本，是非人的畜生，阵亡在长崎的每一个军兵，都是大明的忠骨义士，无论死多少倭寇，都无法抵消倭人这份罪孽，织田家、毛利家，整个倭国，都要付出代价！”张居正非常执拗，仍然要依规处置，这是处罚，更是保护。
而且张居正用这次长崎之战作为例子说服陛下，处罚是为了禁绝这种风气。
“大医官弄出来的药，疗法，有些需要用到朕和皇亲国戚身上，比如剖腹、比如陈卤水、比如大蒜素，但凡是出些问题，就会连累家人，是死在试药之下，还是药死了朕全家陪葬？这对大医官们而言，是个显而易见的选择。”
“先生，罚的轻了不管用，罚的重了，朕不乐意。”朱翊钧仍然坚持不给惩处，这涉及到了惩罚力度的问题。
罚的轻了，这条禁令就形同虚设了，等于说：只需要付出微不足道的代价，就能换来违禁的权利。
比如一些个国贼，只要他不死，那就一定有人会前赴后继的以身试法，而且有这个国贼在，就无法把禁令执行下去，人不患寡患不均，他这个国贼不死，凭什么处置我们？