回到新蜀州后，朱清立即投入了紧张的战后建设。特诺奇提特兰城带回来的那五万劳动力，被安置在了新蜀州周边的数十个临时营地之中。这些临时营地以后将成为新蜀州的卫星城镇。这些劳力将先设屯垦点，接下来则分别从事种植、伐木、采矿、修路、筑堡等工作。至于造船、冶炼等技术含量的工作，则需要较长时间的培训，才能成为探险队员的助手。
这五万人的管理，虽然繁琐但也并不困难。阿兹特克人极其信奉神明，对于神使的命令执行非常坚决，根本不需要监工，更不担心他们叛乱。如果没有血腥的人殉祭祀制度，阿兹特克人其实十分善良温顺，又吃苦耐劳，是优秀的建设者。他们的农业耕种技术十分先进，加之地峡一带光热资源丰富，盛产粮食作物，加之又有许多热带果类，故并不存在缺粮问题。
为了巩固治理效果，朱清又从军事政治经济文化上采取了一系列举措。在军事上，为了防止叛乱和内部争斗，他从各部落抽调了精壮武士，组成了一支千人的常备军。这支军队除了配备黑曜石武器外，还配备了少量的铁制刀矛，再加上严格的训练，其战力远超美洲虎和雄鹰战士。除此之外，战时新蜀州还可以征调各部落的土着士兵，以荡平敌对势力。
从政治上，新蜀州也赋于了各部族极大的自治权，还定期召集部族酋长议事，成立部族联盟会议。各部族之间发生矛盾，在自行协商不成的情况下，提交联盟会议进行裁决。除此之外，朱清还鼓励与各部族进行联姻，他自己便娶了最大部族的酋长女儿为妻。在他的带头示范下，其不少下属也娶了各部族酋长或长老之女。话说朱清虽然是个大老粗，却无师自通掌握了汉唐“和亲”的精髓，知道血缘能有效粘合政治关系。
在经济方面，朱清充分利用了铁器。铁制武器和农具比土着部落的石制刀斧和农具实在优越太多，被各个部族视为“神器”。只是探险队的铁器并不富余，根本满足不了热切的需求。为了拉拢亲善部族，也因为售卖铁器实在是暴利，朱清咬牙匀出了少量的工具和刀枪进行售卖，换得了大量的粮食、棉布和金银。除此之外，朱清又派人寻找铁矿，开始大规模土法炼铁，以争取生产更多的铁器。
在文化方面，随军的幕僚根椐“车同轨、书同文”精神，提出