光复巴蜀之后，水军的作用便大幅度下降。沿海制置司侵犯流求失败之后，临安朝廷被迫对霹雳军开放了长江航道。为了节省军费开支，也是为了临安表明无顺水而下之意，霹雳军将巴蜀的四个水军团裁撤了三个，仅保留了战力最强的原第三师水军团。裁撤的上千艘船只在拆除火炮后，转为民用。四千五百名水兵除少数老弱外留在巴蜀之后，其余尽皆乘坐商船，分批前往流求，加入了海军序列。这些久经战阵的水手虽然没有大海航行的经验，但水上经验十分丰富。在流求的航海学校经过学习，再到海上经过数月的适应训练之后，便能成精锐海军水兵。
“兵马未动，粮草先行”，后勤补给影响着海军的投送能力和战力。虽然霹雳军舰队现在有大量的运输船和补给船，战时也能征调商船随同出征，但却不足以支撑远洋作战。一支舰队足有一万五千人，每日仅需要食水便是个巨大数字，如果发生激烈战事，弹药也会很快耗光。在茫茫大海上长时间行驶，遇到风暴折损船只是常有之事，水手也会因疲劳而患病或发生疫病。虽然舰队配有医疗船和维修船，但限于条件这些都是临时应急之举。如果要对船只进行大修和让水手彻底康复，还得到条件更好的陆上。
为了解决这个问题，《纲要》提出了军港和海军补给站建设计划。除了济洲、流求、琼州、交趾、星岛、锡兰等核心岛屿的港口建设以外，霹雳军将重点建设前往野牛大陆、地峡省、羊驼大陆、袋鼠大陆及前往天竺、波斯、大食的据点。这些据点将是军民两用，标准配置为港口、仓库、货栈及保护这些设施的堡垒、了望塔等防御设施。