攻取哈密后，得叶尔羌降卒一千两百人，林士奇经过深思熟虑后，还是决定将这些人归于巴巴克苏的麾下，但作为钳制，在这支军队的上层将领，全部改调乾军军官。
同时巴巴克苏只是名义上的统领，军队真正的指挥权，在副将齐友邻的手中，而齐友邻是张应维的旧部。
此番跟随林士奇出征的有王富贵，吴眺，张应维，以及军中悍将梁三虎，西征的将士都是精中择精，勇猛悍战之卒。
大军攻取哈密后，林士奇下令留民夫三千人在哈密屯田，并命古尔布哈所部蒙古骑兵，抽调近半，护卫大军从嘉峪关至哈密的沿途粮道。
此时的林士奇心中有所隐忧，粮道过长，而护卫的骑兵却太少，若是准噶尔从天山山脉绕过哈密，还是能够威胁到西征军团的粮道，而且在西南面，还有高原的乌斯藏。
林士奇对乌斯藏有所了解，知道僧格的弟弟噶尔丹在高原中颇有声望，噶尔丹的老师是五世达赖，若是其出兵，那么自己在侧翼上，就受到了战略威胁。
因此，虽然战事进行的还算顺利，但林士奇还是向后方请求援兵，或者说并不是援兵，而是维持粮道安危的骑兵队伍。
不过，林士奇知道，兵贵神速，乌斯藏会不会出兵还另说，而准噶尔现在应该面临北路黄成的威胁，应该暂时抽不出力量来驰援西域。
随后林士奇命古尔布哈继续率领先锋骑兵，进军吐鲁番城。
吐鲁番是西域门户，驻守此城的守将穆哈拉，是阿帕克和卓的心腹，穆哈拉已经得到了阿帕克和卓与僧格的严令，死守吐鲁番。
吐鲁番地处天山南麓，乃是通往西域的交通要道，也是林士奇无论如何也绕不开的一座城池，而这也是吐鲁番号称西域门户的缘由。
而作为西域门户，那吐鲁番自然是防御的重中之重，僧格从波格丹手中买的五门火炮就安置在吐鲁番城头。
本来僧格准备在吐鲁番城一共放置四十门火炮，但可惜的是，波格丹的火器还没运到准噶尔，乾朝就已经出兵，甚至已经兵临吐鲁番城下了。
不过，虽然少了火炮，但是吐鲁番作为门户，在叶尔羌汗国的时代，就已经屡屡修缮，因此，此时的吐鲁番城也颇为坚固，甚至和中原的城