臣下和百姓的帮助到郑所关塞（今陕西华县东）去，想要从这里进入秦国，但守塞的右主然不肯放他进去，说：“我要坚守道义，不能同时侍奉两个君主，公子您快点离开吧！”公子连离开郑所关塞，去往焉氏关塞（今甘肃平凉西北），由庶长菌改（即庶长改）迎接进秦国。秦小主夫人听到这个消息后大吃一惊，命令将帅起兵去拦阻，接到的命令说：“敌寇在边境上。”这些将士刚出发的时候，都说：“去迎击敌寇。”走到半路，乘机发动哗变，说：“不是去迎击敌寇，而是去迎接君主。”于是公子连与士卒一起回到雍城（今陕西凤翔东南），杀死秦出公和秦小主夫人，把他们沉入深渊，而后公子连即位为国君，即秦献公。
对内改革
秦献公元年（前384年），秦献公废止秦国的人殉制度。次年（前383年），秦献公迁都栎阳（今陕西西安阎良区武屯乡附近）。
秦献公六年（前379年），秦献公把蒲、蓝田（今陕西蓝田西）、善明氏等边境地区改建成县，推广县制。次年（前378年），秦献公建立商市。
秦献公十年（前375年），秦献公下令重新编制户籍。
秦献公十一年（前374年），秦献公派胡苏带兵攻打韩国，韩国将领韩襄于酸水（即酸枣，今河南延津西南）打败秦军。
秦献公十四年（前371年），秦军与赵军在高安交战，秦国兵败。
秦献公十九年（前366年），魏惠王与韩懿侯在宅阳（今河南郑州北）会盟，准备联合攻打秦国，为此在武都（即武城，今陕西华县东）筑城。秦献公得到消息后先发制人，派军进攻武都，击败魏军后，继续向魏国进攻，在洛阴（今陕西大荔东南，《资治通鉴》误作“洛阳”与魏国、韩国联军交战，击败联军。
秦献公二十一年（前364年），秦献公派章蟜带兵和魏国的军队在石门（今山西运城西南）交战，斩杀了魏军首级六万，周显王将绣有花纹的礼服赠予秦献公，表示祝贺，史称“献公称伯”。
秦献公二十二年（前363年），秦献公出兵攻打魏国少梁（今陕西韩城西南），赵成侯出兵救援魏国。
秦献公二十三年（前362年），秦献公派庶长国带兵再次攻打魏国少梁（今陕