武帝去甘泉宫的江充遇上。因驰道为天子的御用通道，臣子百官没有得到许可皆不可行驶其上。于是江充就将刘据的使者扣押。
刘据得到消息之后，派人向江充道歉说：“不是我可惜车马，实在是不想让陛下知道这件事情，认为我平时对手下的人不加管教。但愿江君您能宽恕此事。”江充不听，依然向武帝汇报了。武帝说：“做臣子的就应该这样啊。”江充因此大受武帝的信任何重要，威震京师。亦因此事刘据与江充结下嫌隙，埋下祸根。刘据有一位叫公孙敬声的表兄弟，是其大姨母卫君孺与丞相公孙贺的儿子，公孙敬声凭借自己是皇后姐姐的儿子，行事骄奢不守法纪，居九卿太仆之高位，擅用北军军饷一千九百万钱。
征和元年，事情败露之后被捕下狱。这时，汉武帝下诏欲抓捕的阳陵人朱安世却迟迟未能归案，公孙贺便请命此差以赎公孙敬声的罪过。武帝答应此请。后来朱安世果然被捕成功，却在狱中上书诬告公孙敬声与阳石公主私通以及行巫蛊诅咒天子之事。
征和二年（公元前92年）春正月，抓捕丞相公孙贺，并冠以公孙贺兴利弟子宾客不顾黎民死活等多条罪名，公孙贺父子竟然死在狱中。自此，太子刘据在朝堂之上，再无外家相护。巫蛊案发然而，这场灾祸却并未因公孙贺父子之死而结束。
征和二年（公元前92年）闰四月，诸邑公主、阳石公主以巫蛊之罪处死，卫青之子卫伉及卫长公主之子曹宗亦在连坐之内。后来武帝游幸甘泉宫之时生病，江充看到武帝年事已高，而自己行事狠辣与太子刘据的仁德相背，加之先前已与刘据和卫氏有嫌隙，害怕武帝去世之后被刘据诛杀，便欲先一步构陷刘据。即妄言武帝生病是因为有人行巫蛊诅咒天子。于是武帝命江充为使者治巫蛊之案。
江充指挥巫师四处掘地寻找木偶人，但凡挖到就逮捕周围的人，并以炮烙之酷刑逼供认罪。百姓惶恐之间相互诬告，以此罪冤死者前后共计数万人。至此，天下人心惶惶，京师三辅更是笼罩在一片惊恐氛围之中。而武帝却因年迈体病愈加相信巫蛊之事。江充趁机说宫中有巫蛊之气以致天子之病久不见好。武帝便派遣岸道侯韩说、御史章赣、黄门苏文等人协助江充治巫蛊。江充从后宫中不受宠幸的夫人开始查办，依次延及至皇后卫子夫。