刘庄登基后，继续奉行光武帝在位时期为巩固东汉统治而推行的各项政策。对于依仗权势，作威作福的外戚、大臣严加惩处。比如护羌校尉窦林系大司空窦融亲属，既是功臣子弟，又是外戚之家。
永平二年（公元59年），窦林以“欺君罔上、贪赃枉法”之罪下狱论死。刘庄以窦融管教子弟不严，数次下诏责罚，将窦融罢官。后来，刘庄之弟楚王刘英、广陵王刘荆、司徒虞延、司徒邢穆等都以有罪自杀；河东尹薛昭、司隶校尉王康、驸马都尉韩光等也都先后坐事论死。可见刘庄对于外戚、大臣以至宗室诸王控御极严，一旦犯法，从严治罪，决不因其官职高、地位亲近而加以宽贷。于是，群臣震恐，朝廷肃然。
刘庄还注意整顿吏治，对地方官吏进行严格的考察和黜陟。从慎重选举官吏着手，对吏治进行整顿。
永平九年（公元66年）又“令司隶校尉、部刺史岁上墨绶长吏视事三岁以上理状尤异者各一人，与计偕上；及尤不政理者，亦以闻。”规定出对地方官吏的考察黜陟制度，每年进行一次。在选官用人上，刘庄严令杜绝权门请托。他的姊妹馆陶公主为子求郎，不许，而赐钱千万。
刘庄在位期间，多次下诏减免赋税徭役，减轻刑罚；令官吏劝督农桑，治理病虫害；并以公田赐与或赋与贫民。此外，刘庄大力兴修农田水利，其中最大的工程是治理黄河。西汉末年以来，黄河年久失修，为患益甚，“兖、豫百姓怨叹”。明帝乃令著名水利专家王景和王吴率兵卒数十万人治水。自荥阳东至千乘海口千余里，十里立一水门，令更桐洄注，无复溃漏之患，从而保障了黄河中下游农业生产的正常进行。刘庄提倡节俭，宫廷生活不尚奢侈，一时之间，上行下效。所以，当时民安其业，户口滋殖。光武帝末年，全国载于户籍的人口为两千一百多万，至刘庄统治后期，在不到二十年的时间里激增至三千四百多万。刘庄和其子章帝刘炟在位期间，出现了繁荣的盛世局面，史称“明章之治”。
开疆拓土
在国力增强的基础上，刘庄积极经营边疆，与北匈奴争夺西域。光武帝刘秀统治时期，因忙于恢复社会生产和安定社会秩序，无力经营边疆，对西北地区暂时采取羁縻政策。到了永平末年，国势强盛，刘庄乃改弦易辙，变