同年十月，刘肇行幸长安，下诏寻求汉高帝功臣萧何、曹参的近亲，让他们继承封地，暗示群臣效仿二位功臣；同时诏令窦宪入长安伴驾，窦宪到达后，朝臣私下议论拜他时高呼“万岁”，尚书韩棱愤怒指责：“礼无人臣称万岁之制！”才止住了这场闹剧。十一月，刘肇祭祀汉高帝等西汉十一陵。十二月，班超制服西域的龟兹、姑墨、温宿等国的消息传来，刘肇下令复置西域都护，命班超担任此职，同时册封随行的龟兹国侍子白霸为王，派人护送他回到龟兹国继承王位。[] 同月，刘肇从长安返回京师洛阳。[]
窦宪以邓叠、郭璜为心腹，永元四年（公元92年）窦太后封邓叠为穰侯，而邓叠与弟弟邓磊、母亲邓夫人、郭举、郭璜相互勾结。其中邓夫人是窦太后的好友，郭璜在窦太后所居的长乐宫中任职，其子郭举时常入宫接受窦太后宠幸，他们便共同策划杀害刘肇。刘肇暗中了解到他们的阴谋[] ，便和兄长刘庆谋划起事。刘庆从小便和刘肇十分亲近，特别受到刘肇的恩遇，经常出入宫廷，留下住宿，与刘肇共议私事。刘肇即将采取行动，想得《汉书·外戚传》一阅，欲行汉文帝诛杀舅父薄昭、汉武帝诛杀舅父窦婴的故事[] 。但他惧怕左右随从，不敢让他们去找，便让刘庆私下向兄长千乘王刘伉借阅。
夜里，刘肇将刘庆单独接入内室密谋。刘肇还让刘庆向宦官郑众传话，让他帮忙在书中寻找皇帝诛杀舅父的故事。郑众劝刘肇即刻诛杀窦宪心腹郭举、郭璜等人，但刘肇认为窦宪领兵在外，恐生兵变，并未采纳郑众的建议。[]
永元四年（公元92年）三月，袁安薨逝。当时群臣不敢与窦氏抗议，唯独袁安坚定不移，在朝堂与窦氏顽固抗争十次以上，窦太后不听，群臣皆担心他的安危，而他却始终镇定自若[] 。刘肇和朝臣皆倚仗袁安[] 。袁安薨逝后，丁鸿接任大司徒[] 。
四月，窦宪回到京师洛阳。六月戊戌日，丁鸿借发生日食之机上书，暗示刘肇发动政变[] 。十几天后，刘肇以“到白虎观讲经”为理由，带着刘庆移驾北宫章德殿[] ，并让丁鸿担任三公之首的太尉，同时兼任卫尉，统领宫中禁军，控制南宫、北宫[] ，令执金吾和北军五校尉领兵备战，关闭城门，逮捕邓夫人、