遇刺身亡
建安五年（200年），曹操与袁绍在官渡对垒相持，孙策暗中盘算袭击许都，迎取汉献帝，便秘密整顿军队、部署将领。当初，孙策杀死许贡。许贡的幼子与门客逃亡到江边。
建安五年四月四日（200年5月5日）[38] ，孙策在丹徒山中打猎。他骑的是一匹快马，扈从骑兵被远远的甩在后面。这时忽然碰到三个人，这三人都是被孙策所杀的吴郡太守许贡的门客，孙策问：“你们是什么人？”三人回答说：“我们是韩当的士兵，在这里射鹿。”孙策说：“韩当的士兵我全部认识，从没见过你们。”说完向其中一个射箭，那个人随着弓弦的声音而倒下。余下二人非常恐慌当即弯弓搭箭，向孙策射来。孙策面颊中箭。这时，后面的扈从骑兵寻找到孙策，将刺客全部杀死。[
孙策伤势甚重，自知不久于人世，就请来张昭等人，托以后事：“中原正在大乱之中，凭我们吴、越的兵众，三江的险固，足以观其虎斗成败。你们要好好辅佐我弟弟！”又对张昭说：“如果我弟弟孙权不能胜任，你就可以取而代之。即使不能胜利，慢慢西归，也没有什么顾虑了。”又招呼孙权，将印绶交予他，对他说：“率领江东兵众，决战两阵之间，横行争衡天下，你不如我；但举贤任能，使其各尽其心，用以保守江东，我不如你。”到夜间孙策便去世了，年仅二十六岁。[
孙权登基称帝后，追谥孙策为“长沙桓王”。[41] 为孙策立庙于建业朱雀桥南，[42] 后来派太子孙和前去亲祭。
主要影响
军事
击走刘繇
兴平二年（195年），孙策在周瑜、程普和黄盖等人的支持下，从历阳渡江，首先打败了牛渚营（今采石矶）的刘繇，夺得仓库中所有粮食和兵器战具。[43] 当时，彭城相薛礼、下邳（今江苏省睢宁县古邳镇）相笮融都依附刘繇，奉他为盟主，薛礼占据秣陵城（今江苏省南京市），而笮融驻扎在秣陵县南。孙策首先攻打笮融，斩杀五百多人，笮融害怕，紧闭营门，不敢妄动。[44]
孙策转而挥师攻打秣陵城（今江苏省南京市）的薛礼，薛礼突围逃走。这时樊能、于麋等人，又纠集兵士来夺牛渚。孙策立即回军，打败他们，俘获男