书给怀帝，建议迁都到寿春。司马越厌恶周馥此举，于是一面出居许昌，一面北调周馥。周馥素来对司马越专权不满，这次自然不会承命。淮南太守裴硕奉司马越密旨偷袭周馥，失败后逃到东阿，向司马睿告急。司马睿早有并吞周馥之心，于是乘势派兵协助裴硕击败周馥，将其俘获。自此，司马睿控制了与建邺毗邻的淮南，割据范围进一步扩大。7
永嘉五年（311年）三月，司马越病死项城，太尉王衍等王公重臣在奉其丧回葬东海的途中被汉赵军围歼。而洛阳孤立无援，也在不久后被攻陷，怀帝被俘。此时，司徒傅祗、司空荀藩、大将军苟晞、大司马王浚分别在各地建立行台，各奉一位宗室布告天下。其中以荀藩奉立的秦王司马邺行台影响较大，他们传檄要求各方镇出兵勤王。在这些势力中力量最强的镇东大将军、兼督扬江湘广交五州诸军事司马睿顺理成章被推为盟主。但司马睿无心北上，专意经营江南。7
面对此时北方流民为逃避胡人杀戮纷纷南下的趋势，司马睿采纳王导的建议，极力对其进行招抚。他在长江南北设置了许多侨置州郡县，安置流亡人口，并为这些北来侨民特别设置了一种临时户籍——白籍，使其长期享受减免租税赋役。对于南下的流民帅，则授予要职，使他们为自己效力，如东晋初期的文武重臣郗鉴21
、祖逖22
等人，便是在此时陆续南下的。通过这些措施，司马睿取得了北方侨人士族的支持，并使他们成为自己政权的支柱。但这种做法造成江南郡县制度和户籍制度的混乱，并为大族侵吞户口提供了便利，不利于国家财政的良性运转。
扬州的西部地区属于江州，司马睿想要西扩，必须要控制江州。而当时江州刺史华轶自认为受朝廷任命，不愿意服从司马睿的命令，双方关系十分紧张。永嘉五年（311年）六月，司马睿调周访调至彭泽（今江西鄱阳湖北），对江州的治所豫章（今江西南昌）施压，继而强令江州改易长吏。遭到华轶的拒绝后，司马睿命王敦、甘卓及周访等合兵攻打江州，华轶兵败被杀，江州被占领23
。与此同时，豫州刺史裴宪也被司马睿派兵驱逐。由此，他将势力扩张到了长江中游。7
永嘉六年（312年）二月，从北方传来汉赵大将石勒