邪王氏出力尤多，对其政权建立作出了很大的贡献，故东晋初号称“王与马共天下”。但司马睿即位后，对这种状况十分不满，力图重建皇权的威严。45
为此进行了一系列的行动。
以法御下
司马睿“好刑名家”46
“用申韩以救世”47
，采用法家的法治政策。他通过惩处一些不守法的官员，以显示皇权的威严。太兴元年（318年），司马睿两次下诏整饬吏治。第一次的时间在三月，诏书一面对清静为政加以肯定，一面却又表示要惩办不法官吏。第二次在七月。司马睿的语气转变为十分严厉，除命令各级官吏奉公守法，“抑齐豪强”，安抚百姓，查实户口，劝课农桑外，还要求“州牧刺史当互相检察”，如果不举荐奉公、惩罚贪赃者，将受到责罚48
。通过这份诏书，司马睿向天下表明了以法治国的理念和加强皇权的决心49
。他还亲自下令重罚了亲信宋典、永康县令胡毋崇90
，处决了桂阳太守程甫（王敦的亲信）、徐州刺史蔡豹等数名违制的官吏，以示惩戒
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。刘隗在元帝以法御下的政策下，弹劾了王籍之、颜含、王虞、王彬、周嵩、周顗等官员，打击了士族的气焰，展示了皇权，使“王氏深忌疾之”50
。
同时，司马睿也选用刘隗、刁协等支持振兴皇权的人士充任左膀右臂。他的许多意图都由二人执行。在选官用人方面，他采纳了尚书陈税“宜渐循旧制，试以经策”的建议，并且下诏规定，若太守和刺史荐举官员不善，则免官91
。以此改变由士族控制官员任命的现状，加强中央政府的权力。49
司马睿以法御下，又重用刘隗、刁协，疏远王导，这表明了他要摆脱“仲父”的约束，从而建立君臣之道的态度。49
调整中枢
司马睿为加强皇权，还试图通过调整中枢机构及其人员安排，进而掌控中枢。魏晋时期的中枢机构一般由参谋（决策）系统和行政（执行）系统组成。东晋的参谋系统主要有中书省、门下三省（散骑省、门下省、侍中省），主要官员有中书令、中书监，侍中、散骑常侍；行政系统由尚书省构成，