主要官员有录尚书事、参录尚书事、尚书令、尚书左右仆射。49
当司马睿即位后，北来士族的代表人物王导被任命为骠骑将军、散骑常侍、都督中外诸军事、中书监、录尚书事、扬州刺史，以一人身兼数职，既是参谋系统的主要人物，又是行政系统的主要指挥者，对司马睿加强皇权是一个很大的障碍。对此，他调整了中枢机构的人员安排。司马睿即位的第二个月，即命太尉荀组与太保西阳王司马羕兼并录尚书事；即位的三个月后，又任命刁协为尚书令，分化王导的行政权。在参谋系统，司马睿也对中枢机构作了调整。在机要之地中书省，王导任中书监，权势极大。为此，元帝将中书省并入散骑省，以削王导决策权。中书省并入散骑省后，门下省的职权扩大，逐渐成为“喉舌之要”51
。通过任命刘隗为门下省长官，司马睿在中央决策中增强了自己的分量。49
司马睿对中枢人员的安排及中枢机构的调整，起到了压制士族、扩张皇权的作用。49
侨置郡县
“永嘉之乱”后，北方人民与士族大量南迁（参见词条永嘉南渡），多相聚而居，保持原籍贯。自太兴三年（320年）在建邺（今江苏南京）侨立怀德县开始，司马睿开始在辖地内用北方地名设立侨州、侨郡、侨县，安置北方士族。侨州郡县安置的侨人，保持其原来籍贯，另立户籍，给以优复特权，不受当地政府管辖，这对招徕北人和鼓励登录流人于户籍、缓和南北士族矛盾都起了一定的作用。
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社会
中央政府直接掌控的户口数量，很大程度上决定了政府税收情况，同时也影响政府的征兵能力。东晋时，士族长期控制国家人口，大量户口成为封建土地上的佃客，其劳动的成果尽归士族，不为中央政府掌控，这也是导致皇权受制于士族的重要原因。元帝要振兴皇权，就要防止士族荫庇户口。
司马睿在位期间，曾两次发布诏令，来搜括户口。第一次在太兴元年（318年），要求两千石官员隐实户口，发展农业，很显然是为了增加国家编户，增加中央政府的税收；第二次是在太兴四年（321年），诏书反映了司马睿希望将流民编入军队，加强自己军权。此种举措虽被《资治通鉴》认定为“刁协