明末清初思想家王夫之在《读通鉴论》中对司马睿南渡后的行迹多有评述：
1愍帝之立，贾疋等扳之以立而遂自立，则琅邪之在江东，南阳之在秦、陇，虽不与争，而坐视其亡而不救。匪直二王也，刘琨、慕容廆之在北，张寔之在西，陶侃之在南，皆坐视其亡而不恤。长安破，愍帝俘，司马子孙几于尽矣，琅邪拥众而居江左，削平内寇，安靖东土，未有舍琅邪而可别为君者。然而闻长安之变，官属上尊号而不许，固请而不从，流涕而权即晋王之位。已而刘琨屡表陈痛哭之辞，慕容廆、段匹磾且合辞以劝进，豫州苟组、冀州邵续、青州曹嶷、宁州王逊，合南北以协请，江东人望纪瞻之流皆敦迫焉，然后践阼而改元，于是而元帝之位定矣。无求于天下，而天下求之，则人不容有异志而允安。东晋之基，成乎一年之需待，此人情天理之极致。其让也，即国之所以立也。66
2元帝之立也，王氏逼王室而与亢尊，非但王敦之凶悍也，王导之志亦僭矣。帝乃树刁协、刘隗于左右，以分其权而自固。然而卒以取祸者，非帝之不宜树人以自辅，隗、协之不宜离党以翼主也；其所以尊主而抑彊宗者，非其道也。66
3王敦之横，元帝惴惴而崩。67
清代诗人陈文述在《晋元帝庙》中感叹道：“夕阳回首旧金墉，双阙天开作九重。一帝此间曾渡马，诸臣当日定从龙。江山形胜思京洛，将相功名誓鼎钟。同是偏安更衰弱，临安谁祀宋高宗。”101
近代小说家、历史学家蔡东藩在《两晋演义》中对司马睿进行激烈的抨击，他说：“元帝实一庸主，毫无远略，始则纵容王敦，使据长江上下游，继则信任刁协、刘隗，疑忌王敦，激之使叛，而外无可恃之将，内无可倚之相，孤注一掷，坐致神京失守，受制贼臣，刁协死，刘隗遁，周顗、戴渊又复被戮，其不为敦所篡弑者，亦几希矣。”68
中国现代历史学家黎虎等在《中国通史》“晋元帝”条目中认为：“司马睿是中国封建皇朝中最少权威的一位开国之君。他之所以能够称帝于江南一隅，不是凭借他本人的权威或者实力，而是因为他出身的西晋皇室在当时已成为汉族政权的象征。只有在这一旗号之下，北方的大族才能在江南立足，南方的大族才能抗拒来自北方的各种势