桓秘逼迫新蔡王司马晃诬称自己与司马晞、司马综及著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘彊、散骑常侍庾柔等人阴谋反叛。晋简文帝面对他流下眼泪，桓温把他们全都抓起来送交廷尉。19
十一月二十一日，御史中丞司马恬在桓温的指令下进上表章（一说是桓温自己上表，请求杀掉司马晞），请求晋简文帝杀掉司马晞等人，言词非常激烈恳切。但在晋简文帝的坚持下，桓温虽然再作请求仍不得同意。桓温于是奏请黜废司马晞及其三子，将司马晞全家迁徙到新安郡。十一月二十二日，桓温将殷涓等人诛灭全族，废黜司马晃流放衡阳郡。
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去世平反
太元六年（381年）十月，司马晞在新安郡逝世，享年六十六岁。晋孝武帝司马曜在司马晞死后第三天亲临西堂，下诏说：“这是摧人肺腑之事，应奉迎灵柩，同时移葬其妃子应氏和故世子梁王司马等，家属都迁徙回来。”晋孝武帝又下诏说：“已故的前武陵王司马晞出身皇室，克己思过。依照先朝的仁义宽厚，怎能于情礼无所寄托呢！现追封他为新宁郡王，食邑一千户。”22
于是追封司马晞为新宁郡王，谥号威，并由其子司马遵继嗣。23
太元十二年（387年），晋孝武帝恢复司马晞的武陵王爵位。
官爵变迁
官职：散骑常侍→左将军→镇军将军，加任散骑常侍→顾命大臣，侍中、特进（随后又领秘书监）→镇军大将军、开府仪同三司→太宰
爵位：武陵王
历史评价
桓温：“晞体自皇极，故宠灵光世，不能率由王度，修己慎行，而聚纳轻剽，苞藏亡命。又息综矜忍，虐加于人。袁真叛逆，事相连染。顷自猜惧，将成乱阶。”25
司马曜：“故前武陵王体自皇极，克己思愆。仰惟先朝仁宥之旨，岂可情礼靡寄！”25
房玄龄《晋书》：“晞无学术而有武干，为桓温所忌。”
司马焕 (317年～318年)，字耀祖，河内郡温县（今河南省温县）人。东晋皇室，晋元帝司马睿第五子，晋简文帝司马昱同母兄，生母郑阿春。
受封琅琊王，承袭祖父琅琊恭王司马觐爵位。大兴元年 (31