永和三年（347年），桓温攻灭成汉。此后，他权威日盛，名声大振，连朝廷对他也惧怕三分。司马昱认为扬州刺史殷浩素有盛名，朝野对他也推崇佩服，便以他作为心腹，让他参与朝政，想以此与桓温抗衡。从此殷浩与桓温便逐渐开始互相猜忌，彼此间产生了异心。10
司马昱在此后大量援引会稽人士及玄学同好进入中央，来制衡桓温。这些人对穆帝、废帝时期对外战争或内政，都产生诸多影响。
永和七年十二月（352年1月13日），桓温多次请求北伐未获准，于是率军四五万人顺长江而下，驻扎在武昌。朝廷十分恐惧，抚军司马高崧为司马昱写信责备桓温，他才返回镇地。11
同年（352年）七月，司马昱升任司徒，但他推辞不肯担任。12
殷浩连年北伐，屡屡被打败，军粮器械消耗殆尽。
永和十年（354年），桓温借朝野上下对殷浩的怨愤，趁机上书列举殷浩的罪行，请求将他黜免。司马昱不得已，只得将殷浩贬为庶人，流放到东阳郡信安县。从此，内外大权都集中在桓温手里。13
升平二年（358年），当时穆帝已到始冠之年（二十岁），司马昱意欲还政于穆帝，但穆帝不许。
兴宁三年（365年），司马昱听说冠军将军陈祐放弃洛阳，便与桓温在洌洲会面，共同商议征讨事宜。不久，哀帝司马丕驾崩，此事搁置起来。哀帝崩后，由琅玡王司马奕即位，褚太后以琅邪王绝嗣为由，再封司马昱为琅邪王（作为储君），又封司马昱之子司马曜为会稽王。司马昱不肯受封，尽管被封琅玡却未去会稽王之称。