一般来说，空难通常只有三种原因：机械故障，天气因素和人为破坏。
秦仁杰和专案组专家经过大量的调查以后，认为机械故障，天气因素这两个诱因可以排除，最后只剩下人为破坏了。
空难现场一片狼藉，要在那样的地方寻找人为破坏的证据，主要从三个方向着手调查：一是找到客机上的黑匣子，包括飞行记录和语音记录。二是必须把客机上所有的残骸都搜集起来。三是筛选残骸，获取人证。
秦仁杰认为寻找证据最重要的一点，就是找到客机上的黑匣子。一架客机一般有两个或者一个黑匣子，它非常坚固，一般不易损坏。
黑匣子对飞行事故调查非常重要，通过黑匣子的记录可以了解飞机失事前几分钟的航向，高度，速度，气温，风向和所有仪表参数。
另外，黑匣子还可以记录语音，主要是飞行员和地面塔台的对话，客舱里的声音也可以记录一部分，是空难事故前很重要的物证。
“六九空难”事故失事客机的黑匣子打捞上来后，经过专案组专家曾国清的分析，还原了当时机组人员的录音，确认空难发生的直接原因是客机“机舱着火”。