沈庆之认为兵力过少，对战事并无助益，但因萧斌坚持，最终只得从命。
沈庆之尚未出军，王玄谟已由滑台兵败逃回。
萧斌见前锋已败，打算死守碻磝。沈庆之却力主放弃碻磝。
萧斌遂退守历城，命王玄谟留守碻磝。
沈庆之随萧斌退守历城，不久便驰返京师，途中又接到刘义隆诏命，让他北返救援王玄谟。
但当沈庆之行至彭城，却因拓跋焘已率大军逼近，无法继续北上。
江夏王刘义恭当时正于彭城节度北伐诸军，遂将沈庆之留在彭城，授为太尉中兵参军。
刘义恭给沈庆之三千兵马，让他到卯山抵御魏军。
沈庆之却以虏众强，往必见擒为由，不肯前去。
魏军很快便攻至萧城，距彭城仅有数十里。
刘义恭因彭城兵多粮少，打算弃城南逃。
沈庆之认为历城兵少粮多，建议移镇历城。
但刘义恭在沛郡太守张畅的力谏下，最终还是决定坚守彭城，以避免军心动摇。
沈庆之随刘义恭一直坚守到元嘉二十八年二月北伐结束，又奉命将数千户彭城流民迁往瓜步安置。
元嘉二十九年，刘义隆不顾沈庆之力谏，再度北伐，并以立议不同，未让沈庆之参战。
不久，西阳五水一带爆发蛮族叛乱，自淮水、汝水以至长江、沔水都深受其害。
刘义隆命沈庆之为主将，督军征讨五水蛮。
豫州、荆州、雍州都奉命出军参战，均由沈庆之节制。
元嘉三十年，宋文帝命刘骏兵进五洲，总领诸军，征伐沿江群蛮。
沈庆之也自巴水赶到五洲与刘骏会合，商讨军情战略。
就在这时，太子刘劭密谋发动政变，弑杀刘义隆，篡位称帝。
南中郎典签董元嗣当时正从建康返回五洲前线，将刘劭弑逆的消息告知刘骏。
刘骏遂谋划起兵，准备讨伐刘劭。
刘劭篡位后，因刘骏手握重兵，对其非常忌惮。
他密谋致信给沈庆之，让沈庆之杀死刘骏，夺其兵权。
但沈庆之却根本无意帮助刘劭。他求见刘骏，将刘劭的密信