乾隆二十四年五月，阿桂奉命到霍斯库鲁克与副将军富德一起进攻霍集占兄弟叛军，清军击败霍集占兄弟部队。”
“阿桂率部继续追击霍集占兄弟在阿勒初尔大败他们，在伊西洱库尔诺尔包围了叛军，阿桂率领军队冲杀在前，消灭了叛军的主力，溃败的叛军穷途末路，缴械投降，霍集占兄弟残兵几百人突出重围，逃亡巴达克山，不就被巴达克首领所杀，首级献给了清军，天山南麓霍集占兄弟叛乱被平定，回部也基本被平定。”
“回部被平定，乾隆认为阿克苏是新归附的，任命阿桂驻军，出任阿克苏办事大臣。”
“乾隆二十五年二月，阿桂率部来到伊犁，阿桂上疏建议在伊犁河以南海努克等处实行屯田，让回民熟悉耕作驻屯，派官兵驻防，建设城邑，预备马驼等，还让沿边的米运往伊犁，选拔各省流人工艺娴熟的人，作为储备人才来伊犁等，乾隆皇帝采用了他的建议，任命阿桂全权处理屯田事宜。”
李白：于是阿桂开始制造农具，监督屯耕。
同年九月阿桂上奏屯田成果，上等地获二十倍，中地所获十倍足够千余人来年麦熟之前食用，接着阿桂又奏请进一步屯田，恳请朝廷派遣更多的官员，并建议从哈萨克逃来的人可以直接留在伊犁，这样可以节省解送的麻烦，也可以让他们就地屯田等。
乾隆二十六年四月，阿桂再一次上书，建议伊犁牧群蕃息，停止内部人员前来购买马驼，并要求招徕叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏、乌什等地回人到伊犁耕种，扩大屯田规模，发展地方经济，安置人口就业。
同年七月，阿桂请于伊犁和乌鲁木齐之间的玛纳斯、捧示喀喇乌苏、晶河等处屯田，每屯田兵，人各垦地15亩，晶河以西归伊犁管辖，托多克以东归乌鲁木齐管辖。
乾隆二十七年正月，阿桂再次上疏陈述屯田的约束章程，并且建立了绥定、安远而成，兵员驻地和居民住所建造的和内地差不多。
次年六月，乾隆帝下旨阿桂晋升正白旗，不久又补受正红旗满洲都统，晋太子太保。
乾隆二十九年代理伊犁将军，不久就调任四川总督，负责巡视九边土司，
同年冬召还返回北京，次年乾隆帝南巡，阿桂奉命留在京城治理政务，