方面安慰武帝，一方面也痛恨那些见风使舵的大臣，尽力为李陵辩护。
他认为李陵平时孝顺母亲，对朋友讲信义，对人谦虚礼让，对士兵有恩信，常常奋不顾身地急国家之所急，有国士的风范。
司马迁痛恨那些只知道保全自己和家人的大臣，他们如今见李陵出兵不利，就一味地落井下石，夸大其罪名。
司马迁对汉武帝盛言李陵只率领五千步兵，深入匈奴，孤军奋战，杀伤了许多敌人，立下了赫赫功劳。
在救兵不至、弹尽粮绝、走投无路的情况下，仍然奋勇杀敌。就是古代名将也不过如此。
李陵自己虽陷于失败之中，而他杀伤匈奴之多，也足以显赫于天下了。
他之所以不死，而是投降了匈奴，一定是想寻找适当的机会再报答汉室
司马迁的意思似乎是贰师将军李广利没有尽到他的责任。
他的直言触怒了汉武帝，汉武帝认为他是在为李陵辩护，讽刺劳师远征、战败而归的李广利，于是下令将司马迁打入大牢。
司马迁被关进监狱以后，案子落到了当时名声很臭的酷吏杜周手中，
杜周严刑审讯司马迁，司马迁忍受了各种肉体和精神上的残酷折磨。
面对酷吏，他始终不屈服，也不认罪。
不久，有传闻说李陵为匈奴练兵。
汉武帝信以为真，便草率地处死了李陵的母亲、妻子和儿子。
据汉朝的刑法，死刑有两种减免办法：一是拿五十万钱赎罪，二是受“腐刑”。
司马迁官小家贫，当然拿不出这么多钱赎罪。
腐刑既残酷地摧残人体和精神，也极大地侮辱人格。
司马迁当然不愿意忍受这样的刑罚，悲痛欲绝的他甚至想到了自杀。
可后来他想到，人总有一死，但“死或重于泰山，或轻于鸿毛”，死的轻重意义是不同的。
他觉得自己如果就这样“伏法而死”，就像牛身上少了一根毛，是毫无价值的。
他想到了孔子、屈原、左丘明和孙膑等人，想到了他们所受的屈辱以及所取得的骄人成果。
司马迁顿时觉得自己浑身充满了力气，他毅然选择了腐刑。