一处，以迅雷不及掩耳之势攻入中都凤阳，烧毁皇陵楼殿，焚龙兴寺，杀官员宦臣无算，朱由检惊闻祖坟被刨，伏地大哭。
同月，命洪承畴为兵部尚书兼总督河南、山、陕、川、湖军务，赐尚方宝剑，带兵十万，多路进攻农民军。
同月，李自成和张献忠因凤阳财宝分赃不均，双方产生间隙，起义军出现巨大分歧，各走一方，各自为战。
五月，总兵曹文诏于汉中率部偷袭农民军，农民军大败而逃，朝野欢呼。
六月，曹文诏率部追击李自成等农民军，于真宁湫头镇中伏陷入重围，曹文诏兵败自杀。
九月，朱由检重用天雄军之主卢象升，总管河南、山东、湖广、四川四省军务，同时兼湖广巡抚，围剿农民军。
崇祯九年。
正月，卢象升驰援滁州，与农民军大战于城东五里桥，大败敌军，追入河南道，再次将农民军主力击败，杀人无数，获卢阎王之名。
四月，皇太极即皇帝位，建国号大清，改元崇德，封赏百官无数，赐孔有德、耿仲明、尚可喜为王，形成三王鼎立之势。
七月，农民军首领高迎详于黑水峪，被陕西巡抚孙传庭设伏捕获，押送京师斩首，农民军推举李自成为新任闯王。
九月，清兵再次攻入京畿，攻陷昌平、围攻顺义。危急时刻卢象升带兵来援，终迫使清兵退走，京畿之围解除。卢象升迁兵部左侍郎，总督宣、大、山西军务。
崇祯十年。
正月，皇太极亲征高句丽，高句丽向满清称臣，行三跪九叩之礼
三月，张献忠于太湖大败明军，乘胜东取和州、含山、六合等地。
八月，明英海战爆发，至十一月不分胜负。十一月经葡人调停，英人赔偿明廷白银2800两，道歉离去。
崇祯十一年。
正月，张献忠所率农民军被左良玉、陈洪范率兵击败，张献忠面部头部受伤欲死，大败而逃，并于谷城投降于巡抚熊文灿，一度偃旗息鼓。
三月，李自成所率农民军，和曹文昭之侄曹变蛟多次交锋，连日苦战大败而归，李自成潜伏于山中不出。
九月，清兵第四次攻入京师，京师戒严，朱由检忙召宣大总兵卢象升