宋常勤的上疏没有任何回应，他反而因此被朝廷排挤。
涂旦可所在的流贼被官军攻击，涂旦可再次被俘回到军中。而这时他发现军中的传染病已经十分严重，甚至连他的师父都染上疾病。
师父在死前问涂旦可：“为什么几百年都有效的办法，此时却无效了？这病还怎么救？”含恨而终。
涂旦可咬牙接下了治疗传染病的工作，请求用自己的新方法治疗疾病。事情上报到宋常勤那里，宋常勤点头同意。
涂旦可使用了新方法终于将传染病控制。
同时，宋常勤将本地的士绅大户聚集在一起，最后询问他们能否出粮，在再一次得到搪塞答复之后宋常勤摔杯为号，让埋伏好的军队将这些大户全部控制，抵抗者杀无赦，然后直接派出军队入大户家中查抄，尽数将这些大户隐匿的粮食未交的税款收回，用这些粮食税款武装军队，去和流贼决战。
大战前夕，涂旦可离开军队，用自己总结出来的治疗传染病的办法，试图去救治更多的受疾病困扰的百姓；宋常勤带领着队伍去和流贼决战；与此同时，因为被抄家而弹劾宋常勤的上疏雪片一般的飞向京城……
整部小说在此戛然而止，虽然没有写出结局，但是整篇文字悲伤的语调已经预示了宋常勤的死亡，或者是死在战场上，或者是被朝廷抓回去问罪，又或者两相夹攻之下，悲愤而亡。
这部小说参考《大明劫》写成，但却远远不止《大明劫》电影剧情的内容。
王文龙试图在小说中描写一个王朝末日的场面，借用了后世《战争与和平》等反映大时代背景的小说的方法，插入大量的视角转换，通过流贼、名士、农民、军人、地主、医生、官员的眼睛，多视角的去描写出他们眼中的世界，一点一点的勾画出一个人心离乱的末世。
多视角的使用使得所有人物都不是全然恶人：流贼不全是坏人，大多是因为没饭吃被逼上梁山，官军不全是好人，许多人杀良冒功、临阵怯战，甚至连不愿意交粮饷的地主大户也有自己的理由：他们不相信朝廷官军，因为这些军队基本打不赢仗，倒是每次都会回来抢掠，所以大户宁愿把粮食留在自己手里。
大家全都不是单纯的坏人，只是时代使得他们站在矛盾的对立面上，整