义进京，利玛窦在京城极受欢迎，到处参加宴会，主要原因是利玛窦确对于欧洲的各项学问都极为精通，同时还熟悉大明的典籍，这样的人物到哪里都吃得开。
在京城一番游走，利玛窦不光得到京城中的东林党人以及浙党的欣赏，甚至走了天津税监马堂的路子，被这太监推荐给万历皇帝。
原历史之中利玛窦在京城做了不少科普，但是内容似乎传达的不是很准确，比如《明通鉴》记载他是“大西洋人利玛窦”，然后又解释，“大西洋者，欧罗巴洲之统名。”直接把大西洋和欧洲搞混了。
顺便《明通鉴》转述利马窦的说法，把耶稣以及门徒的传教过程也搞混了，以为耶稣生在亚洲，西行到欧洲传教——直接把耶稣描述成了一个达摩式的人物。
这时的利马窦和同伴郭居静正打算在京城建立教堂，礼部官员找到利玛窦询问此事。
利玛窦听闻，王文龙所叙述的内容细节非常完整，许多地名对于此时的明朝人来说没有什么意义，但是利玛窦和郭居静却是能听懂的，他们很快通过询问脑补出了王文龙所说的事情发展过程，接着就信了。
这年代的明朝能够说清楚欧洲情况的人几乎没有，而福建的奏折之上细节如此完整，两个欧洲传教士一致认为不可能是福建人自己编造的。
于是两人都十分惊讶：英国的使节团居然被杀了！
两人甚至直接找出怀疑对象：不是荷兰人、就是西班牙人干的。
利玛窦是意大利人，这事儿跟他完全扯不上关系，而他们传教的耶稣会在明朝的主要据点就是葡萄牙人掌握的香山澳。
利玛窦很快做出反应：这事情可不能让这些明朝人扯到葡萄牙人身上，要不然耶稣会肯定受影响。