分类地位番茄起源中心是南美洲的安第斯山地带。在秘鲁、厄瓜多尔、玻利维亚等地仍有大面积野生种的分布。茄属分为有色番茄亚种（eulypsic）和绿色番茄亚种（eriopersin）。前者果实成熟时有多种颜色，后者果实成熟时为绿色。茄属由普通栽培种番茄及与栽培种番茄有密切关系的几个种组成，大体上又分为普通番茄和秘鲁番茄两个复合体种群。普通番茄群中包括：普通番茄、细叶番茄、奇士曼尼番茄、小花番茄、奇美留斯凯番茄、多毛番茄；秘鲁番茄群中包括智利番茄和秘鲁番茄。学名争议番茄是茄科的一员， 在1753年林奈的著作《植物种志》（species pntaru）中，番茄的生物学二名法被注释为“nu lypersicu”，其种的名称“lypersicu”被解释为“wolfpeach”，其中“wolf（狼）”来自“ly”，“peach（桃子）”来自“persicu”，意思是“狼桃”，源自日耳曼狼人传说，传说中，巫师和巫婆在药水中使用致命的茄子（颠茄）把他们自己变成狼人，番茄是一种近似于颠茄但比颠茄大一些的果实，所以当番茄来到欧洲的时侯被叫作“狼桃”。然而，番茄的学名在历史上曾经多次更动。最早的学名“nu lypersicu l”由林奈所起，他认为番茄属于茄属（nu）。但1768年，菲利普·米勒（philip iller）认为番茄应当自成一属，属于番茄属（lypersin），定名“lypersin esculentu iller”，“esculentu”源于“edible（可食用的）”，即“可食用的狼桃”，其使用颇为广泛，于1983年成为保留名称（期间也出现保留种名的“lypersin lypersicu”的用法），且在部分分类法中，若马铃薯和番茄不在同一属，则番茄用此学名。1990年开始的系统解析与分子生物学证据表明，正如林奈分类法，番茄和马铃薯分为同一属是正确的，番茄的学名应为“nu lypersicu”，属于茄属，而“lypersin”和“番茄属”的持续使用只能以方便和维护命名稳定性为由。番茄属后改为番茄组（nu sect lypersin），属于茄属马铃薯