小智跟山梨博士简单描述了一下情况后，一行三人朝着研究所走去。
然而等他们抵达山梨研究所时，研究所内一片狼藉。
看到这一场景，小智已然明白一切，这不就是三只神奥御三家干饭之际，山梨博士的几个助手一时不察，调皮的小火焰猴抢了那只倒霉企鹅波加曼的饭，并且对倒霉企鹅一顿挑衅，气得倒霉企鹅用泡沫光线进行攻击。
两小只引起的骚乱，让被研究中的姆克鹰和姆克儿感受到危险，最后打破玻璃逃离研究所，倒霉企鹅也追着小火焰猴往森林跑了。
而为新人训练家准备的御三家，就剩一只安静干饭的草苗龟在细嚼慢咽。
小光从那几个研究助理的口中得这事情的始末后，便自告奋勇要去找回波加曼和小火焰猴。
有热闹看，小智自然是不会错过的，也开口说要帮忙。
山梨博士见小智愿意出手，自然是没有任何意见。
就这样，小智和小光一起来到了山梨研究所后面的森林。
小智道：“小光，找回波加曼和小火焰猴的工作就看你了，我只会在危急关头才会出手帮你。”
小光自信道：“没问题，我一定行的，毕竟它们当中很可能会有我未来的搭档！”
两人还没正式走入森林，便看到了小火焰猴在一棵树上冒头了，没等小光有动作，倒霉企鹅波加曼从另一边窜出来，对着小火焰猴就是一发泡沫光线。
只是它的攻击很轻松就被小火焰猴躲过去了，在茂密的森林里，小火焰猴借用树木不断引诱波加曼往森林内走去。
愤怒的波加曼也没有一丝迟疑，追着小火焰猴跑了进去。
小智用波导锁定两小只，跟着小光追了上去。
小光追着追着便追丢了。
小智提醒道：“小光，左边。”
“波加！”
小光刚跑没几步，便听到了波加曼的求救声，等发现波加曼时，便看到这倒霉企鹅被一张蜘蛛网缠住了，一同被困住的还有不少野生神奇宝贝。
小光喊道：“波加曼，别怕，我来救你！”
正当小光要冲上去救波加曼时，隐藏在树梢上的阿利多斯，预判了一下小光的路线，