配问题，反而暴露出其统治基础的脆弱性和不稳定。
北方，五胡十六国纷争不断，异族势力相继崛起，强大的胡族政权如前赵、后赵等，始终对富庶的江南之地虎视眈眈，给新生的东晋带来了持续不断的军事压力和安全威胁。司马睿不得不时刻提防北方的侵扰，同时致力于稳固南方边界，以防战火南延。
而在南方，由于西晋末年中原板荡，大批北方士族和百姓纷纷南渡，这批南迁的人群不仅带来了先进的文化和生产力，同时也将北方的门阀政治模式带到了江南。以王导、王敦为代表的江东大族，在东晋建立过程中起到了至关重要的作用，他们利用自身雄厚的经济基础、广泛的社会网络以及世代累积的文化优势，迅速掌握了东晋朝廷的实际权力。
司马睿深知自己在江东根基浅薄，为了获得本地士族的支持，不得不大量启用和倚重王氏兄弟等人。王导以其卓越的政治手腕和深得人心的策略，帮助司马睿团结了众多南迁的北人与本土的江南士族，构筑了东晋初期的政治框架。但与此同时，也造成了皇权与士族权力之间的微妙平衡，甚至可以说是皇权的妥协与让步。
王敦则掌握着强大的军事力量，控制着长江中上游地区，多次干预朝政，甚至发动叛乱，直接挑战司马睿的皇权。这种情况之下，“王与马共天下”的说法形象地揭示了东晋初期内部权力结构的特点：司马睿虽然是名义上的天子，但实际政治权力主要掌握在以王导、王敦为代表的士族手中，皇权与士族共享治理天下的权力，皇权受到了极大的限制和削弱。
五、晚年境遇，忧愤而终
司马睿在位期间，作为东晋开国皇帝，面临的是一个满目疮痍、内忧外患的世界。他深知要稳定局势、恢复国家秩序，必须竭尽全力整合各方力量，包括皇室、北方流民、南方土着士族等多元利益群体。然而，理想与现实间的鸿沟往往难以逾越，尤其在权力分散且复杂的东晋初年，这种整合过程异常艰辛。
首先，外部威胁方面，北方的胡族势力并未因西晋的灭亡而减弱对江南的觊觎，频繁的边境冲突使司马睿不得不时刻警惕，分兵驻守，以防敌人南下侵犯。其次，内部矛盾错综复杂，其中最为突出的问题就是士族势力的膨胀，尤其是以王敦为代表的江东大族