在明朝统一江南的进程中，吴祯的军事才能再次得到淋漓尽致的展现，特别是在平定湖广和攻克平江的战役中。这两场战役不仅考验了吴祯的军事指挥艺术，也是他为明朝立下汗马功劳的重要阶段。
在徐达的统帅之下，吴祯参与了对湖广地区的平定。湖广地处长江中游，战略位置极为重要，控制湖广意味着可以进一步稳固长江流域，为南下统一奠定坚实的基础。吴祯凭借其丰富的作战经验和敏锐的战场判断，与徐达紧密配合，不仅有效调度兵力，还巧妙利用地形优势，多次挫败敌军的抵抗，最终成功平定了湖州等地。紧接着，他们又将目标转向平江（今苏州），这里是张士诚势力的核心区域，攻克平江意味着对江南地区的全面控制。在这场硬仗中，吴祯不仅展示了勇猛的前线作战能力，还参与策划了一系列精妙的攻城策略，经过激烈的战斗，终于 迫 使 平江城破，为明朝统一江南扫除了最后一块重要的障碍。因这些赫赫战功，吴祯被晋升为大都督府佥事，其在军事体系中的地位更加巩固，成为了朱元璋手下不可或缺的将才。
紧接着，吴祯的军事生涯又迎来了新的挑战——征讨浙东割据势力方国珍。方国珍割据浙东多年，势力庞大，对刚刚建立的明朝构成了不小的威胁。吴祯以征南副将军的身份，与汤和一同领兵南下。在他们的精心部署和勇猛进攻下，方国珍最终选择归降，这不仅避免了大规模的流血冲突，也显示了吴祯在处理复杂军事政治问题上的高超手腕。
方国珍降服后，吴祯并未停歇，他与汤和、廖永忠等将领乘胜追击，利用海路优势，采取了前所未有的海战策略，攻取福州并进占延平（今福建南平）。
三、靖海靖边，威震海疆
明洪武三年，朱元璋深感海防对于新生王朝的重要性，特任命吴祯为靖海将军，这一任命标志着吴祯军事生涯的新篇章。此时，明朝虽然初步建立了统一的局面，但沿海地区却面临着倭寇频繁骚扰的严峻挑战。作为靖海将军，吴祯的任务是强化海军力量，确保海疆的安宁，这不仅是对他的信任，也是对他的考验。在吴祯的领导下，海上练兵有条不紊地进行，他注重提升士兵的航海技能、战斗素养，以及海上作战的灵活性和应变能力，为即将到来的海战打下了坚实的基础。同年